slovanskej filológie na univerzite v Prahe.
Popri vedeckej práci, ktorá bola Šafárikovi v Prahe hlavným zmyslom životnej náplne, bol okolnosťami prinútený zaoberať sa niekoľkokrát aj otázkami vzdelania a školstva. Napr. roku 1848 minister A. Bach poveril P. J. Šafárika spolu s K. J. Erbenom členstvom v komisii pre slovanskú právnu terminológiu. Výsledkom činnosti komisie bol slovník Juridisch - politische Terminologie der slawischen Sprachen Oesterreich. Vyšiel vo Viedni roku 1850 so Šafárikovým krátkym predhovorom.
V revolučných rokoch 1848 - 49 sa venoval len svojim vedeckým záujmom. Po vydaní diela Über die Abkunft der Slawen nach Lorenz Surowiecki zbieral historický materiál pre najstaršie obdobie slovanských dejín. Výsledkom jeho úmorného vedeckého bádania okrem drobnejších štúdií sú dve monumentálne práce - základné piliere slovanské - a Slovanský národopis (Praha 1842, druhé vydanie tiež roku 1842, tretie vydanie roku 1843). Po jeho smrti, v rokoch 1862 - 63 bol pripravený III. diel Slovanských starožitností, ktorý vyšiel v Prahe roku 1865.
V posledných piatich rokoch života začal Šafárik chorľavieť a trpieť rozličnými fóbiami, a to aj napriek tomu, že sa zbavil materiálnych a finančných ťažkostí a ubúdali mu aj starosti o rodinu. Najstarší syn Vojtech (1831-1902) po skončení štúdií v Göttingene dostal miesto profesora na obchodnej akadémii vo Viedni, neskôr sa stal význačným chemikom. Mladší Jaroslav (1833-1862) ukončil medicínu na pražskej univerzite a stal sa druhým asistentom profesora Bohdálka, anatóma. Pre slabý plat roku 1858 odišiel od neho do Viedne za praktického vojenského lekára. Po návrate z vojny v Taliansku sa stal vrchným asistentom na c. k. Jozefínskej akadémii vo Viedni. Najmladší syn Vladislav (1841 - ?), ktorý robil rodičom najväčšie problémy, začal študovať právo na pražskej univerzite, ale štúdium nedokončil. Odišiel k vojsku a bojoval v Taliansku pri Magente a Solferine, kde bol i ranený. Čoskoro si získal dôstojnícku hodnosť. Dcéra Božena (1831 - ?) sa vydala za Jozefa Jirečka (1825 - 1888), literárneho historika a českého politika, ktorý bol určitý čas vychovávateľom v Šafárikovej rodine. Ich synom, a teda vnukom P. J. Šafárika, bol Konstantín Jireček, historik, autor štúdie Šafařík mezi Jihoslovany.
Psychické depresie v posledných dvoch rokoch P. J. Šafárika priviedli k tomu, že 23. mája 1860 skočil do Vltavy, čo vzbudilo v širokej verejnosti nesmierny rozruch. Podarilo sa ho však zachrániť. Na začiatku októbra 1860 sa Šafárik definitívne vzdal miesta riaditeľa Univerzitnej knižnice. Cisár František I. jeho žiadosti vyhovel vlastnoručne písaným listom, pričom mu ponechal ako dôchodok plný plat.
P. J.