Od této chvíle Freud dále pokračoval ve své
neurologické práci a jednak pátral po významu neviděného, dynamického traumatu jako
po příčině funkční duševní choroby, tomuto pátrání zasvětil čtyřicet let. Před odjezdem
do Paříže nastoupil jako ředitel neurologické kliniky v novém ústavu pro dětské choroby
ve Vídni. Zde pobyl řadu let, publikoval zprávu o hemianopsii u dětí, zajímal se o
problém afázie a v dalších letech uveřejnil osm článků a monografii o mozkové paralýze
u dětí. V této době se již hluboce zabýval zkoumáním dynamického traumatu,
které Charcot označil za příčinu neuróz. Na jaře roku 1886 se oženil s Martou Bernaysovou a otevřel si ve Vídni ordinaci,
kde chtěl Freud léčit nemocné pacienty. Věděl, že většina pacientů, kteří budou přicházet, jsou ambulantní případy té či
oné neurózy a jen málo z nich trpí organickou poruchou. Jak je má léčit,
když povahu neorganické choroby nezná ani on, ani nikdo jiný ? Jak to, že lidé
onemocní bez skutečného poranění nebo nemoci ? Freud musel pragmaticky zkoušet
to či ono bez teoretického základu.V této době si Freud znepřátelil lékařské
kruhy ve Vídni, když v přednášce hájil Charcotův názor, že hysterie se neomezuje
jen na ženy. Jako ve většině zemí světa se pokládala za výlučně ženskou chorobu a
hájila se teze, že muži nemůžou být hysteričtí. Freudovi posluchači prohlašovali,
že snad hysterií trpí Francouzi, Rakušané však nikdy. Freud nakonec dokázal své
tvrzení ukázkou hysterika přímo v lékařské nemocnici a způsobil si tak srážku s
Lékařskou společností. Po mnoha nezdarech při léčení si Freud přečetl knihu dr. Hypplota Bernheima "Sugesce a její použití jako terapie", bývalého studenta
prof.Charcota. Dr. Bernheim podrobně popisoval použití hypnotické sugesce jako
formu terapie a byl přesvědčen o efektivnosti této metody. Freud tuto metodu ihned
vyzkoušel na svých pacientech s překvapujícími výsledky, když v prvních týdnech
zaznamenal několik rychle vyléčených případů.

Do ordinace se hrnuli neurotikové a Freud ve svém životopise píše:
" .. A tak se samozřejmě stalo, že v prvních letech mé lékařské praxe mým
hlavním pracovním nástrojem - vedle náhodných a nesoustavných psychoterapeutických
metod - byla hypnotická sugesce. Znamenalo to ovšem , že jsem se vzdal léčení org.
nervových chorob; to však nebylo důležité. Neboť v soukromé praxi lékaře,
který pracuje ve velkém městě, množství takových pacientů není ničím ve srovnáním
se zástupy neurotiků, jejichž počet se zdánlivě zvyšuje tím, jak běhají od jednoho
lékaře ke druhému - aniž odstraní jejich potíže - a kromě toho bylo v práci s
hypnózou něco svůdného.