Tam spoznal aj pani Claire de Jouvenel, ktorá mu horlivo pomáhala aj v jeho boji za oslobodenie Slovenska. Štefánik sa vrátil do Paríža tu ho Jouvenel zoznámila s najvyššími politikmi: ministerským predsedom Aristidom Briandom a najvplyvnejším mužom franc. ministerstva zahraničia Philippom Berthelotom. Štefánik tu naďalej presadzoval plán vytvorenia česko-slovenského štátu dňa 13. decembra 1915 sa stretol s E. Benešom a spoločne sa stotožnili so Štefánikovimi i Masarykovymi koncepciami o vytvorení spoločného štátu.

Vytvoril česko-slovenské vojsko vo Francúzsku, dosiahol dohodu o jeho uznaní v Taliansku. Potom odišiel do Ruska vyriešiť veľmi vážne problémy česko-slovenských légií. Na ceste do Ruska sa dozvedel z novín, že 18. októbra Masarik a Beneš vydali Deklaráciu nezávislosti československého národa, ktorá niesla i jeho podpis a zriaďovala dočasnú vládu, v ktorej mu pridelili ministerstvo vojny. Štefánika to prekvapilo a rozhorčilo. Masarikovi poslal dlhý telegram, v ktorom protestoval proti takému spôsobu konania a zdôraznil nesúhlas s viacerými bodmi deklarácie. Po návrate z Ruska do Paríža sa rozhodol cestovať späť do milovanej vlasti. Z Paríža pricestoval do Ríma, kde uskutočnil ešte rokovania.

Za dopravný prostriedok na cestu do vlasti si vybral lietadlo značky Caproni450 a 04. 05. 1919 vzlietol z letiska Campoformida sprevádzaný 2 talianskými letcami a mechanikom. Lietadlo s najväčšou pravidelnosťou preletelo ponad Alpy a o 11.30 dosiahlo Bratislavu. Počas pristávania lietadlo vzbĺklo a zrútilo sa na zem na miesto Vajnory pri Bratislave, dnes Ivanka pri Dunaji. M. R. Štefánik a jeho traja talianski spoluletci pri náraze lietadla zahynuli. Toto tragické ukončenie výnimočného života, nečakané úmrtie jedného z najväčších činovníkov na diele oslobodenia Čechov a Slovákov znamenalo veľmi tvrdý úder pre celý jeho ľud. V očiach Štefánikovej snúbenice Márie Neumannovej, rodiny a celého sveta ostali len slzy pre plač a spomienky na neuveriteľného človeka.
Pochovaný bol 11. 05. 1919 na Bradle, neďaleko jeho rodiska.