Neskôr prijal ponuku a nastúpil na školu v Kloster Bergene, kde pôsobil až do polovice apríla 1708 a potom sa vrátil do Halle. Tu však dlho nepôsobil lebo sa musel vrátiť domov, aby si splnil záväzky voči škole a farnosti v Banskej Bystrici. Banskobystrická evanjelická farnosť si ho zvolila za konrektora gymnázia a za pomocného farára. Pár dní po nástupe do funkcie predložil cirkevnej obci svoje predstavy a plány o škole.
30. Novembra 1708 ho vysvätili a uviedli do úradu farára, pri tejto príležitosti napísal svoj druhý životopis, ktorý sa zachoval.
Ako prívrženca stavovského povstania ho v januári 1709 v Banskej Bystrici odsúdil cisársky generál na smrť, no napokon ho omilostili. Na toto obdobie spomínal, ako na svoje druhé narodenie. O rok neskôr cisár vydal rozkaz na vrátenie kostola katolíkom a Matej ostal bez farnosti. Onedlho nastal obrat v jeho osobnom živote: 8. Januára 1710 sa oženil so Zuzanou Herrmanovou dcérou váženej meštianskej rodiny. Na jar toho istého roku bol zvolený za rektora banskobystrického gymnázia, kde vypracoval staronový školský poriadok. Koncom roka sa mu narodila dcéra a neskôr ďalších sedem detí. Taktiež udržiaval kontakty s Franckeho ústavom v Halle a zapájal sa aj do vydavateľskej činnosti.

Začiatkom marca 1714 dostal miesto na gymnáziu v Bratislave, ktoré
prijal. Jeho odchodom sa skončilo najslávnejšie obdobie banskobystrického gymnázia.
Pár dní po svojom príchode predložil predstavenstvu cirkevnej obce, ktoré malo nad školou dozor, plán, ktorého základom boli zákony riadenia práce rektora, učiteľov i žiakov. Pri tejto príležitosti predniesol aj príhovor, ktorý sa však nezachoval, ale školské zákony existujú dodnes. Hneď po nástupe si začal viesť o škole dva základné záznamy v dvoch knihách:
Prvá mala názov MATRICULA SCHOLAE REKTORE BELIO (Školská matrika za Belovho rektorovania), boli to školské zákony a záznamy o žiakoch.
Druhá mala názov EPHEMERIDES, bol to denník, v ktorom sa určovalo, aké učivo sa má preberať, zachovala sa dodnes.
Postupne začal zavádzať aj nové prírodovedné predmety, medzi nimi aj geografiu.
4. septembra 1719 mu ponúkli miesto farára a on ponuku prijal. Vyčerpanosť a
smútok sa podpísalo k prvej mozgovej porážke, pri ktorej mu ochrnula pravá polovica tela. Matej Bel sa stal prvým farárom , čiže seniorom evanjelickej cirkvi v Prešporku. Bolo to v roku 1744.Jeho choroba sa zhoršovala ,preto sa rozhodol odísť do dôchodku. Väčšinu času trávil v rakúskych kúpeľoch, kde aj 29.augusta 1749 dostal nový záchvat mozgovej porážky. Pri prevoze do Prešporka zomiera.