V tom čase ďalej neúnavne písal svoje komentáre k Aristotelovi a svoju Teologickú sumu, okrem toho uverejnil aj komentár k Jeremiášovi a rad Quaestiones disputatae. Vtedy dostal od svojich predstavených znova pozvanie na univerzitu do Paríža. Na cestu sa vybral v decembri 1267 cez Bolognu a ihneď sa ujal svojej druhej učiteľskej činnosti ako profesor teológie. Tomáš stál vtedy na vrchole svojej vedeckej činnosti. No práve v tomto čase zápasil s mnohými ťažkosťami a bol nútený duchovne sa vyrovnať s rozličnými smermi.
Holandský filozof Siger z Brabantu umožnil prístup Averrovho učenia na univerzitu v Paríži, kde sa naširoko rozšírila jeho platnosť.

Tomáš Akvinský sa preto cítil povinným vedecky si vymeniť názory s jeho prívržencami. Zistil čoskoro, že protirečia učeniu Cirkvi o slobodnej vôli, o hodnote jednotlivej duše a o Božej prozreteľnosti. Tomáš teda napísal proti Sigerovi z Brabantu polemický spis, v ktorom sa snažil jeho učenie vyvrátiť. Popritom Tomáš cítil povinnosť dokázať oprávnenosť svojho uplatňovania aristotelovskej filozofie na budovanie katolíckej teológie proti extrémnemu augustinianizmu Bonaventuru a jeho školy, stavajúcej na Platónskom učení. Okrem toho sa stále znova opakovali výpady proti žobravým reholiam, ktoré musel vziať pod svoju ochranu. Uprostred všetkých týchto bojov pokračovala spisovateľská činnosť Tomáša Akvinského v úžasnej plnosti, pokiaľ išlo o obnovenie a prehĺbenie katolíckej teológie. Dokončil druhý diel Teologickej summy a napísal aj významné Quaestiones disputatae o duši a o cnostiach. Ďalej dokončil oba spisy o večnosti sveta a jednote rozumu. Okrem toho ďalej pracoval na svojich komentároch k Evanjeliu sv. Jána a k listom sv. Pavla, písal ešte rozsiahle komentáre k Aristotelovej Metafyzike a Etike. Pre Tomáša to boli roky veľmi plodnej práce.

Uprostred jeho učiteľskej činnosti, na Veľkú noc r. 1272 ho jedna rehoľa odvolala a znovu sa vrátil do Talianska. V júli toho roku sa pravdepodobne zúčastnil na generálnej kapitule vo Florencii.

Keďže náhle odvolanie z Paríža prekvapilo mnohých Tomášových kolegov na parížskej univerzite, snažili sa zabezpečiť u generálnej kapituly dominikánskej rehole vo Florencii, aby ostal na parížskej katedre. Ich žiadosti sa však nevyhovelo. Namiesto toho musel Tomáš splniť poslanie, ktoré mu zveril kráľ Karol I. z Anjou, aby v Neapole zriadil generálne štúdium rehole, ktorého vedenie prevzal v rokoch 1272 – 1274.

Tomáš neúnavne ďalej pracoval na tretej časti svojej Teologickej summy, písal komentáre k Aristotelovi, o nebi a svete a o bytí i zániku.

Popri svojej vedeckej činnosti venoval stále mnohé hodiny modlitbe. 6.