Koncom roka 1907 zomreel profesor Janssen a Štefánik sa opäť ocitol uprostred zápasu. Podnikal ďaleké cesty, ktoré uspokojovali jeho túžbu po ďalekom svete i záľubu v exotike, ale výraznejší vedecký úspech mu nepriniesli. Austrália, Tasmánia, Nový Zéland, Tahiti, USA, Panama, Equador, Brazília, Tunis, Rabat, Dakar, Rusko a Turkestan, ďaľšie krajiny a mestá a medzitým krátke zastávky doma, v Košariskách, naposledy v apríli 1913 na pohrebe otca.
Počas pobytu v Južnej Amerike, hlavne v Equadore, mal možnosť preukázať aj svoje diplomatické schopnosti, ktoré neskôr tak často a s úspechom uplatnil v záujme česko-slovenskej štátnosti. Získal francúzske štátne občianstvo, uznanie a prístup do najvyšších francúzskych kruhov. Napriek týmto úspechom prežíval Štefánik v tom čase vážnu osobnú krízu, umocnenú ťažkou žalúdočnou chorobou, ktorá sa nezlepšila ani po operácii. V jeho živote mu chýbali veľké ciele a perspektívy. V takom rozpoložení ho zastihla prvá svetová vojna.
Štefánik pochopil, že táto vojna bude rozhodovať o budúcich osudoch sveta a že aj pre utláčaný slovenský národ môže svitnúť iskierka nádeje. Hlavnou podmienkou však bola porážka Nemecka a Rakúsko-Uhorska. Štefánik napriek zlému zdravotnému stavu nástojil, aby bol zaradený do vejenskej služby k letectvu. Po krátkom výcviku a službe vo Francúzsku bol v máji 1915 nasadený na srbský front. Vzlietal nad srbským frontom so šialenou odvahou, ktorá sa mu v čase frontálneho útoku Mackensonovej armády stala takmer osudnou.
Koncom roka 1915 sa vrátil do Paríža. Tu sa zoznámil s E. Benešom a nadviazal kontakt so svojím bývalým profesorom T. G. Masarykom. V Paríži dohodol stretnutie Masaryka s ministerským predsedom A. Briandom a pričinil sa o založenie Československej národnej rady a stal sa jej podpredsedom.
Začala sa horúčkovitá organizácia a propagačná činnosť, do ktorej sa Štefánik napriek zlému zdravotnému stavu vrhol celou svojou osobnosťou. Najdôležitejšie bolo vytvoriť česko-slovenské vojsko - légie, ktoré by bojovali proti Nemecku a Rakúsko-Uhorsku. Za tým účelom odišiel najprv do Ruska a začiatkom roka 1917 do USA. Légie organizoval tiež vo Francúzsku a Taliansku. Svojou diplomatickou aktivitou prispel k tomu, že dohodové vlády uznali v priebehu leta a jesene Českoslvenskú národnú radu za vládu de facto a česko-slovenské vojsko za vojsko spojenecké.
V máji vypukol konflikt medzi česko-slovenskými légiami v Rusku a sovietskou mocou. Po počiatočných úspechoch legionárov sa čoskoro začali objavovať príznaky krízy.