Keď Milan roku 1890 opustil svoj „svet“ nastúpil ako desaťročný do Bratislavy na evanjelické lýceum a zaujal svoju vážnu púť za vedomosťami a poznaním. V Bratislave, alebo vtedajšom Prešporku, študoval tri roky. O lýceu už čo-to počul, veď pred Milanom na ňom jeho starší bratia Igor a Pavel a o čosi neskôr i mladší Ladislav22. Keď prišiel do Bratislavy, bol to „malý, útly, bledý, svetlovlasý chlapec s neobyčajne živými očami…tiež ho mám v pamäti ako trocha bojazlivého“, spomína po rokoch Ferdinand Hirschmann – profesor, ktorý ho tri roky učil jeho obľúbený predmet – matematiku. Po celý čas štúdia mu bol riaditeľom Wilhelm Michaelis a triednym profesorom presvedčený demokrat Samuel Markušovský. Z Milanových pedagógov treba však spomenúť najmä významného komeniológa Jána Kvačalu, profesora náboženstva a slovenčiny, ktorá bola nepovinným predmetom. Kvačalu na lýceu považovali za patróna slovenských študentov. Milan nemal na lýceu s profesormi žiadne nepríjemnosti. To však nemožno povedať o jeho bratovi Igorovi, ktorému spolu s Milanom Trokanom hrozilo vylúčenie. Milan bol dobrý žiak a za to mal zadarmo obedy v ústavnej jedálni a na konci druhého i tretieho roku získal peňažnú odmenu z nadácie M. Institorisa Mošovského. Štvrtú triedu, kvartu, v školskom roku 1893-1894, navštevoval už v Šoproni.
Na gymnáziách, kde Štefánik študoval spolu s mnohými slovenskými študentmi, najmä z evanjelických rodín, učili aj niekoľkí profesori slovenského pôvodu a so slovanským povedomím. Patril medzi nich najmä brezovský rodák Samuel Šaško, ďalej Alfréd Neumann, Ján Chovan a riaditeľ sarvašského gymnázia Július Benka. Ich si Štefánik zvlášť obľúbil a nezabúdal na nich ani neskôr. Pred prvou svetovou vojnou im aspoň raz do roka napísal zo svojich ciest. No celkový proces výučby a výchovy, ktorý silne pôsobil na formovanie myšlienkového a citového sveta mladých ľudí, sa niesol v duchu pohŕdavého až hrubého postoja voči príslušníkom nemaďarských národností, vyúsťujúceho do otvoreného a bezuzdného šovinizmu. Mnohí slovenskí študenti, či už na gymnáziách, alebo na vysokých školách, sa pod vplyvom takejto výchovy nezriedka odrodili, hanbili sa za svoju materinskú reč, za pospolitý slovenský ľud a verne slúžili utláčateľom svojho národa, maďarskej šľachte a buržoázii. Štefánikov otec, ktorý poznal, ako zhubne pôsobí výchova v maďarských školách na slovenský národný organizmus, bdel nad svojimi synmi – študentmi. Keď po prázdninách odchádzali do školy, pán farár sa s nimi lúčieval svojráznymi slovami: „Viete, čo je váš otec a čo ste vy.