Buďte v srdci vždy dobrí Slováci a nehanbite sa za materinskú reč! Profesorov ničím nepokúšajte, a proti sebe nepopudzujte! Na koho počujem, že sa hanbí za nás, nesmie mi domov, lebo ho zastrelím ani psa!...“
Chlapci si slová svojho rodiča vzali k srdcu. Najmä Milan. Aj v Sarvaši študoval veľmi dobre a získal si priazeň spomínaných profesorov, a predovšetkým riaditeľa Benku. Bývalo zvykom, že profesori a riaditeľ pozývali niektorých nadaných žiakov na nedeľné obedy. A tak mal aj Milan o jednu starosť menej. Za mimoriadnu usilovnosť mu udelili Telekiho štipendium – sedemdesiat zlatiek. Toľký peniaz vo večnej študentskej tvŕdzi iste Milanovi dobre padol. A vyšlo mu aj na predplatné nového vydania Kralickej biblie. Zdalo by sa, že študentské roky v Sarvaši Milanovi plynuli pokojným tempom. Ale akurát na tomto gymnáziu sa stala príhoda, ktorá sa mu mohla stať osudnou. Bolo to práve v roku pompéznych osláv milénia teda tisícročných osláv príchodu Maďarov do dunajskej kotliny, takzvaného zaujatia vlasti. Uhorská vláda tieto oslavy roku 1896 využila na stupňovanie asimilácie nemaďarských národností – Slovákov, Rumunov, Srbov, Rusínov a Nemcov. Predstavitelia nemaďarských národností proti týmto oslavám protestovali a „zaujatie vlasti“ vyhlásili za fikciu. Nuž a v tomto období šovinistickej eufórie, ktorá študentov naplno zasiahla, maďarskí spolužiaci Štefánika chytili, prehodili cez zábradlie na balkóne poschodovej budovy a nútili ho volať na slávu Kossuthovi. Inak ho vraj nechajú spadnúť dolu. Ale Milan sa ich hrozby nezľakol. Dolu ho síce spadnúť nenechali, no celá udalosť sa vyšetrovala a Milana len tak-tak nevylúčili zo školy za vzburu. Zo šlamastiky sa dostal vďaka tomu, že sa ho riaditeľ Benka i profesor Neumann jednoznačne zastali.
Pochopiteľne, aj na Milana Rastislava Štefánika malo vplyv maďarské prostredie. K obdobiu dozrievania a formovania vlastnej osobnosti sa Štefánik vrátil o niekoľko rokov neskôr a posudzoval ho veľmi kriticky. Odnárodneniu sa však ubránil. Posmešný a pohŕdavý postoj s ktorým sa stretal medzi maďarskými spolužiakmi, utvrdzoval v ňom národné sebavedomie. V tomto zmysle zostal verný tradíciám. Otec mohol s ním byť spokojný. Nepredpokladal však, že o niekoľko rokov sa so synom takmer rozíde pre rozdielne názory najmä na chápanie slovenskej národnej otázky a jej orientácie. Po maturite s vyznamenaním v Sarvaši Milan Štefánik uvažoval, kam má ísť študovať. Z viacerých možností- Budapešť, Viedeň, Praha, Belehrad, Záhreb či Petrohrad – dal na radu svojho krstného otca Štefana Fajnora, senického advokáta a rozhodol sa pre štúdium v Prahe. Do stovežatej matičky na brehoch Vltavy prišiel skromne odetý a s ešte skromnejšou batožinou.