Mal v nej okrem niekoľkých kúskov bielizne pribalených aj zopár obľúbených kníh – Kollárovu Slávy dcéra, Bottove Spevy, Verše Hurbana Vajanského, ale i Kralickú bibliu. Ubytoval sa u Františka Hrona, hlavného dozorcu potravinovej dane. Býval v izbe spolu so synom domácich Edvardom. Tu sa aj stravoval.
Tak sa osemnásťročný Milan Rastislav Štefánik na jeseň roku 1898 zapísal v Prahe na Českej vysokej škole technickej, aby vyhovel žiadosti svojho otca, ktorý z neho chcel mať stavebného inžiniera. No sám neskôr písal: „Technická vedy nezodpovedali mojim túžbam, ktoré sa od prvej mojej mladosti niesli k hvezdárstvu.“ Preto z vlastného záujmu i na niekoľkonásobné naliehanie profesora Karla Zengera Štefánik zmenil smer svojho štúdia a budúceho povolania. Po dvoch rokoch na technike v školskom roku 1900/1901 bol už poslucháčom prírodovedného smeru
Na univerzite začal študovať s veľkou chuťou, priam ako znovuzrodený. Už v prvom semestri si zapísal 37 hodín a v druhom až 43 hodín. Bol to priveľký počet prednášok, i keď možno všetky nenavštevoval pravidelne. Svedčí to o širokom zábere jeho záujmov, o úsilí dozvedieť sa a poznať čo možno najviac. Významným intermezzom v živote Milana Rastislava, v jeho príprave na vedeckú dráhu astronóma, bola cesta do švajčiarskeho Zürichu roku 1902. Prežíval veľkú duševnú depresiu. Spôsobili mu ju nežičlivé hmotné pomery, strata dvoch rokov nezaujímavým štúdiom a nie najlepší zdravotný stav. V niekoľkomesačnom úniku z pražského prostredia videl isté východisko. A skutočne ho našiel, ako to napísal svojmu priateľovi Janovi Kraiczovi: „Nepamätám sa, že bych bol býval taký zronený, nešťastný, ako keď som odchádzal z Tvojho bytu. Cítil som sa opustený a bol som opustený. Zostať v Prahe znamenalo morálnu vari aj intelektuálnu smrť. Všetko ma tam dusilo, pôda horela mi pod nohami. Opustil som vás, neopustili ma však pochmúrne myšlienky, naopak, tým intenzívnejšie krúžili, kadenáhle som zostal samotný.. Vlak vjachal do tirolsko-voralberského údolia, v ktorom sa ženie divoký Inn. Brehy, pokryté sviežou zeleňou a posiate miliónmi kvietkov, sebavedome vypínajú mohutné hlavy. Háje kvitnúcich stromov rednú do výšky a postupujú miesto ihličnatým. Na strmých svahoch i v ohromných výškach ešte zbadá oko pozorovateľa malú chalúpku, poslednýto znak vlády človeka – tam ďalej už panuje iba ľad a lavíny. Aký kontrast! Tu dole usmievajú sa romanticky rozložené dedinky so štíhlymi vežami, vzduch presýtený omamujúcou vôňou a zvlnený spevom zvestúňov jari a ožívajúcej mládeže. A všetko to sa spojí v rozkošnú a nežnú harmóniu. Putá môjho ducha praskli.