Ihneď bol s niektorými ďalšími čelnými predstaviteľmi zaistený a odvezený do ZSSR, kde sa v nasledujúcich dňoch zúčastnili moskovských rokovaní so sovietskym komunistickým vedením a 26. 8. 1968 boli nútení podpísať tzv. moskovský protokol o normalizácii pomerov v ČSSR. Dňa 17. 4. 1969 bol nútený odstúpiť z funkcie prvého tajomníka ústredného výboru KSČ, vystriedal ho G. Husák. Od apríla do októbra 1969 bol predsedom Federálneho zhromaždenia. Potom bol do 26.6. 1970 československým veľvyslancom v Turecku. V ten deň bol vylúčený z KSČ. V rokoch 1970-85 pracoval v Západoslovenských štátnych lesoch. S rodinou bol neustále sledovaný tajnou políciou. V roku 1974 zaslal kritický list o totalitnom policajnom režime v ČSSR Federálnemu zhromaždeniu a Slovenskej národnej rade. Odsúdil v ňom potlačovanie ľudských a občianskych práv. List uverejnila zahraničná tlač. Proti Dubčekovi sa rozpútala celoštátna kampaň v masmédiách. V roku 1987 talianske noviny Unita uverejnili s Dubčekom rozhovor, potom jeho verejné aktivity zosilneli. Od 17. novembra sa zapojil do všetkých udalostí organizovaných na odstránenie totalitného režimu v Československu. Vystupoval na zhromaždeniach na námestí SNP v Bratislave, na Václavskom námestí a Letnej v Prahe. Od decembra 1989 do júna 1992 bol predsedom Federálneho zhromaždenia. V marci 1992 vstúpil do Sociálnodemokratiskej strany Slovenska a na zjazde 28. 3. 1992 bol zvolený za jej predsedu. Dňa 1. 9. 1992 mal autonehodu, ťažkým zraneniam o dva mesiace podľahol. Ako jedinému Slovákovi mu udelilo čestné doktoráty šesť významných univerzít- Bologna, Madrid, Washington, Brusel, Dublin, Bratislava.