Svoje rozsiahle poznatky o najstarších dejinách slovanských národov zhrnul do významného vedeckého diela mladej slavistiky – knihy Slovanské starožitnosti. V nej predstavil slovanské národy, dokazoval indoeurópsky pôvod slovanských jazykov. Vychádzal zo záznamov arabských a gréckych historikov a návštevníkov slovanských krajín. Dielo pomohlo rozšíriť poznatky o slovanských národoch a bránilo ich pred zneužívaním. O jeho význame svedčí aj fakt, že vyšlo v ruskom, poľskom i nemeckom preklade, sčasti aj v srbštine a francúzštine.
Podobný charakter malo aj dielo Slovanský národopis. Priniesol základné údaje o slovanských národoch, ich sídlach, jazykoch, etnických hraniciach so zemepisnou mapou.
V spore o Štúrovskú slovenčinu sa postavil na stranu J. Kollára ako jeho generačný druh, ale prejavil pochopenie aj pre Štúrovo vystúpenie. Mal však obavy, že spisovnou slovenčinou sa oslabí spoločný zväzok Čechov a Slovákov.
Šafárik položil vedecké základy slavistiky, požíval veľkú úctu doma i za hranicami. Zomrel 26. 5. 1861 v Prahe. Jeho dielo vyšlo pod názvom Sebrané spisy I., II., III., čiastočne ako Spisy I, jednotlivé diela aj ako Dejiny slovanskej reči a literatúry vo všetkých nárečiach a Literatúra, jazyk, spoločnosť. Univerzita v Košiciach spolu s niekoľkými fakultami v Prešove nesie jeho meno.