Pokúsila sa získať späť aj Paríž, ale obyvatelia Paríža sa pevne bránili a ubránili. O 14 dní po korunovácií mal Karol nárok na trón. Posilnený korunováciou, ustúpil k Loire. Janu už nepotreboval a ponechal ju jej vlastnému osudu. Koncom augusta uzavrel mier s vojvodom Burgundským. Kľud zbraní mal trvať do Vianoc. Behom mesiaca Karol armádu rozpustil a Jane zostalo len niekoľko vojakov. V zime Jana posielala svojich vojakov len do príležitostných bojov. Jej vojenská dráha sa pomaly končila. Na jar v roku 1430 v boji proti Angličanom a Burgundom pri Compiegne padla do rúk feudálnych zradcov, ktorí sa obávali veľkej popularity Johanky z Arku. Pri ústupe bola Jane uzavretá brána do mesta a ona sa nemala kam schovať. Bola zajatá Burgundami a potom za veľkú sumu predaná Angličanom. Johanku uväznili vo veži v Ruene /1431/. Tam bola väznená s okovami na nohách a rukách ako veľký zločinec. Bola predvolaná pred inkozekventný súd ,ktorý bol zložený z najmenej 50-tich sudcov a 24 .5. 1431 odsúdená za kacírstvo , čarodejníctvo a nosenie mužského odevu. Janini žalobcovia tvrdili, že jej vnútorné hlasy nepochádzali od Boha, ale od diabla, že sa svojím mužským odevom prehrešuje proti starozákonnému zákazu a že také nadprirodzené schopnosti môže mať len čarodejnica. Potom bola vo svojej cele podrobovaná krížovému výsluchu. Požiadala, aby o jej slovách a skutkoch povedali pápežovi. Súd však jej požiadavku zamietol a pohrozil, že ju vydá anglickej justícií.
Vo chvíli zúfalstva Jana svoje tvrdenie, že ju vedie Boh odvolala a súhlasila, že sa bude zas obliekať ako žena. Ale o pár dní neskôr svoju stratenú odvahu opäť našla a svoje odvolanie vzala späť. Sudcovia ju vydali Angličanom .Tí ju 30.mája 1431 odsúdili, upálili na Rouenskom námestí Vieux Marché a jej popol rozptýlili do rieky Seina.
Karol VII pre záchranu Jany nepohol ani prstom, ale aby nebol obvinený z toho, že bol korunovaný čarodejnicou nechal o niekoľko rokov neskôr proces Johanky z Arku opäť otvoriť a preskúmať. Johanka bola v tomto procese očistená a označená za obeť omylu.
Vďaka vznášajúcej sa nádeji na víťazstvo sa francúzsky ľud po smrti Johanky z Arku zmohol a spoločne s Burgundmi, ktorí sa pridali na stranu Francúzska , Angličanov vyhnali. Veľkým víťazstvom pre Francúzsko po viac ako sto rokoch sa skončila v roku 1453 storočná vojna. A možno, že skončila iba vďaka pobláznenej dievčine, ktorá sa postavila do čela francúzskej armády.
V roku 1909 bola blahorečená a roku 1920 ju katolícka cirkev vyhlásila za svätú.