Previnil sa iba proti „ľudským zákonom“, ktoré nemilosrdne odsúdia každého, kto bojuje za spravodlivosť a slobodu. Za tieto vznešené ideály neváha obetovať ani svoj život. V tomto je aj ideové jadro Bottovej básne. Smrť Jánošíkova sa skladá z deviatich spevov, z ktorých každý je relatívne samostatným celkom a každý z iného zorného uhla zobrazuje hrdinu. Jednotlivé situácie z posledných chvíľ Jánošíkovho života Botto vedome komponuje tak, aby zvýraznil konflikt medzi slobodou a bezprávím, no zároveň dal najavo, že sloboda je tou najvyššou hodnotou. Zápas síl dobra a zla, je znázornený obrazmi hrdinu-väzňa a hrdinu-bojovníka za slobodu. Aj keď v básni má lyrickosť prevahu, ide o skladbu lyricko-epickú.
V Bottovej poézii je ľudová slovesnosť hlavným inšpiračným zdrojom. Zretelne to vidieť najmä v jeho baladách: Žltá ľalia, Ctibor, Margita a Besná, Lucijiný stolček. Dynamickosť a dramatickosť balád spočívajú v zúžitkovaní výrazových prostriedkov ľudovej poézie, pričom sú zreteľné kontakty s romantickou baladou. Vystihnúť atmosféru rozprávkového sveta sa usiloval pri stvárňovaní námetov ľudových povestí: Báj na Dunaji, Báj Maginhradu, Báj Turca, Povesť bez konca. Inšpiroval sa aj rôznymi žánrovými formami slovenskej ľudovej poézie v dielach: Ohlas ukrajinskej dumky, Krakoviaky, Pochod juhoslovanský, Ohlas srbskej piesne. Botto týmito básňami s motívom boja proti násiliu zároveň propagoval ideu slovanskej spolupatričnosti. Vyslovoval sa aj k aktuálnym dobovým otázkam, písal vlastenecké a príležitostné básne, v ktorých reagoval na dôležité udalosti v národnom živote, na Memorandum (Ohlas na „Hlas z Martina“ 1861), Maticu slovenskú (4.8.1863), Slovanský zjazd v Moskve (K hodom Slávy), založenie Kníhtlačiarenskeho účastinárskeho spolku (1870), zatvorenie revúckeho gymnázia (Vrahom). V príležitostnej poézii básnik vzdáva hold najmä Kollárovi (Nad mohylou J. Kollára) a Sládkovičovi (Dumka na blahú pamäť Sládkovičovu, Nad hrobom Sládkovičovým pri sadení lipy). V 70. rokoch sa pokúšal vytvoriť rozsiahlejšiu skladbu Čachtická pani.Hoci skladbu nedokončil, zachovaný materiál je dokladom, že sa ustavične chcel vyslovovať k dobovým udalostiam a hľadať nové možnosti básnického vyjadrenia. Básnik Ján Botto sa radí medzi najvýraznejších predstaviteľov slovenského literárneho romantizmu.