pneumokok k pľúcnemu tkanivu, pôvodca lepry, ku kožnému tkanivu, leptospíry k pečeni a obličkám a Vibrio cholerae k črevnej sliznici.

Každý patogénny mikroorganizmus vyvoláva špecifický okruh choroby. Určité patogény vyvolávajú tie isté príznaky pri rozmanitých živočíšnych hostiteľoch, ako napr. kŕče zapríčinené tetanovým toxínom Clostridium tetani. Iné sú schopné vyvolať rozdielne formy ochorenia u toho istého hostiteľa. Streptococcus pyogenes môže u človeka vyvolať zápal mandlí, šarlach, erisypel alebo infekcie rán. Niektoré mikroorganizmy sú veľmi patogénne pre určitých hostiteľov a nepatogénne pre iných. Napr. Corynebacterium diphteriae je patogénne pre človeka a v pokusoch aj pre morča, nie však pre potkana. Iné patogény vyvolávajú ochorenia rôznej intenzity v rozdielnych živočíšnych hostiteľoch. Bacillus anthracis vyvoláva akútnu a často smrteľnú septikémiu rožného statku, oviec a koní, zápalové zdurenie hltanu ošípaných a psov a hnisavé pľuzgieriky na mieste vstupu človeka pri tzv. kožnej forme antraxu, ale ťažké, často aj smrteľné ochorenia pri pľúcnej alebo črevnej forme.

Okrem mikroorganizmov, ktoré sa do tela dostávajú cez rany, väčšina mikroorganizmov sa spočiatku usídli na pokožke alebo na slizniciach, cez ktoré prenikajú do tkanív. Väčšina slizníc má pod svojim povrchom lymfatické kanáliky. Mikroorganizmy ktoré sa dostávajú na sliznicu nosohltana sústavne sa odstraňujú obrvenými bunkami epitelu alebo sa pohlcujú putujúcimi bunkami fagocytov, ktoré ich odnášajú do lymfatických kanálikov. Ak organizmy uniknú pred touto obranou a rozmnožia sa môže vzniknúť infekcia, napr. Staphylococcus aureus sa môže takto lokálne rozmnožiť v záhyboch pokožky, vo vlasových vačkoch alebo v tukových žľazách, čím vyvolá miestne poškodenie a potom preniknutie do tkanív. Koža vylučuje baktericídne látky ktoré mikroorganizmus musí najskôr prekonať, aby sa mohol rozmnožiť alebo preniknúť do tela. Mnohé patogény sú takto zničené ešte skôr, ako by sa im podarilo vniknúť do tela hostiteľa.
Postupné rozmnožovanie patogénov v krvnom obehu sa nazýva septikémia.

Rozdielne patogény sa veľmi odlišujú v schopnosti invázie do tela hostiteľa. Mnohé z nich majú túto schopnosť veľmi malú, ale predsa sú mimoriadne škodlivé tým, že sú schopné tvoriť veľmi účinné toxíny. Clostridium tetani nieje napríklad schopný invázie, ale keď sa dostane do hlbokých rán, tvorí veľmi účinný toxín so špecifickou afinitou k nervovým bunkám a vyvoláva deštrukciu tých častíc centrálneho nervového systému, ktoré zasiahne, čo sa prejaví príznakmi stuhnutia svalov a kŕčami.