Prežívanie parazita závisí od jeho schopnosti uvoľniť sa z jedného hostiteľa a infikovať iného citlivého živočícha. Patogénne mikroorganizmy sa obyčajne uvoľňujú zo živého človeka alebo zvieraťa vo výlučkoch z tráviaceho ústrojenstva, v sekrétoch zo slizníc dýchacích ciest, v organických produktoch, ako sú lupiny z kože alebo úlomky z vlasov, a v hnise z infikovaných rán. Kýchanie a kašeľ napomáha uvoľňovať patogény z dýchacích ciest. Prenášanie patogénov a obyčajne odohráva medzi hostiteľmi k tomu istému biologickému druhu, hoci niekedy nastávajú aj infekcie medzi hostiteľmi z rôznych druhov. Človek sa napr. môže infikovať kožnými hubami ( dermatofytmi ) od domácich zvierat. Určité choroby sa prenášajú iba bezprostredným stykom s infikovaným hostiteľom, napr. vdychovaním kvapôčok od jedinca chorého na TBC alebo nádchu; priamym kontaktom s infikovaným hostiteľom ( napr. syfilis a kvapavka u človeka ).
Mnohé choroby sa prenášajú nepriamo požitím potravy kontaminovanej tým, že pochádza z infikovaného zvieraťa alebo tým, že sa dostala do kontaktu s vodou znečistenou od infikovaného pacienta alebo od zdravého hostiteľa (napr. otrava potravinami, týfus, tuberkulóza, brucelóza a pod.). Kone sa môžu nepriamo nakaziť antraxom zo sena pochádzajúceho z pôdy kontaminovanej pôvodcami antraxu. Inokedy sa infekcia dostáva do tela nepriamo prepichnutím kože znečisteným nástrojom ( tetanus ).
Niektoré patogény sa dostávajú k novému hostiteľovi prostredníctvom prenášačov spomedzi článkonožcov ( blcha prenáša pôvodcu moru, voš pôvodcu škvrnitého týfu, komár pôvodcu malárie, atď. )
Prežívanie rôznych patogénov mimo tela hostiteľa netrvá dlho. Napr. pôvodcovia pohlavných chorôb človeka rýchlo hynú mimo ľudského tela. Patogény tráviacich ciest prežívajú mnoho dní až mesiacov mimo tela. Sporulujúce patogény, ako sú pôvodcovia tetanu, plynovej gangrény a antraxu, po vysporulovaní prežívajú celé roky v hnojnej pôde a nestrácajú svoju virulenciu.
Mnohé plno virulentné mikroorganizmy môžu vyvolať ochorenie, len ak vniknú do tela špecifickou cestou. Clostridium tetani vyvoláva tetanus len po vniknutí do hlbokých rán, kde panujú anaeróbne podmienky, no vôbec neuškodí domácim zvieratám, keď sa dostáva do ich čriev. Pôvodca TBC je oveľa nebezpečnejší po vniknutí do dýchacích ciest, narozdiel od vniknutia do tráviaceho traktu. Mnohé patogény prejavujú afinitu k určitým tkanivám, napr.