Po tranksripcii sa syntetizujú nové proteíny vírusu a novovytvorený nukleoproteínový komplex sa presúva do membrány hostiteľskej bunky.

Zánik TH buniek sa môže uskutočniť nasledujúcimi mechanizmami:
1. priamym cytopatickým účinkom, ktorý je vysvetľovaný väzbou novovytvorených viriónov opúšťajúcich bunku pučaním na susedné husto prítomné molekuly CD4, čo vedie k dezintegrácii bunkovej membrány;
2. lytickým účinkom špecifických cytotoxických lymfocytov na infikované bunky, ktorých membrány sú modifikované vírusovými antigénmi;
3. fúziou infikovaných lymfocytov so zdravými TH bunkami, zapríčinenou väzbou gp120, začleňovaného do membrán infikovaných buniek, na CD4 neinfikovaných lymfocytov. Jedna infikovaná bunka môže viazať až 50 neinfikovaných lymfocytov;
4. mechanizmom apoptózy. Gp120 blokuje fyziologické procesy aktivácie T-lymfocytu; pri kooperácii medzi T-lymfocytom a makrofágom, ktorý prezentuje antigén nemôže dojsť k fyziologickej interakcii medzi HLA antigénmi II a CD4 molekulami, pretože sú pozmenené nadviazaným gp120, čo spôsobí poruchu v prenose aktivačných signálov a bunka sa vydá cestou vlastnej záhuby.

Bolo dokázané, že u infikovaných osôb v danom okamihu sledovania, je aktuálnym producentom vírusov len veľmi málo TH buniek (cca. 1 na 100 tisíc).

Čo sa týka makrofágov, tieto môžu byť infikované pohltením vírusových častíc alebo infikovaných buniek, hlavne cudzích buniek, s ktorými infekcia prenikla do organizmu. Predpokladá sa preto, že patria medzi prvé infikované bunky a predávajú nákazu ďalej. Infekcia makrofágov sa prejaví aj tým, že prestávajú tvoriť IL-1 a produkujú TNF- α. Obidva tieto faktory navodia procesy vedúce k apoptóze.

Okrem TH buniek, makrofágov a lymfocytov sú na infekciu HIV vnímavé aj niektoré ďalšie antigén prezentujúce bunky, ako dentritické bunky lymfatických uzlín a sleziny, Langerhansove bunky kože a asi 5% B-lymfocytov. Bol nájdený aj v bunkách, ktoré CD4 nedisponujú: v mikroglii, chromafinných bunkách duodena, hrubého čreva a rekta. Ďalej ojedinelo v astrocytoch, oligodendrocytoch i v nervových bunkách.

Vírus napáda aj CNS. Receptorom pre HIV nie je antigén CD4, ale galaktozyl-ceramid.


5. Imunologické poruchy

Vedľa postupného úbytku TH lymfocytov a narastajúcich známok funkčných porúch makrofágov sú prítomné ďalšie, prevažne sekundárne poruchy funkcií imunitného systému. Sú to hlavne známky polyklonálnej aktivácie B-lymfocytov, sprevádzané cirkuláciou imunokomplexov (zvýšením hladiny imunoglobulínov – paradox) a vznikom autoprotilátok s kompenzačným zmnožením T-supresorov.
Úbytok CD4+ - lymfocytov zapríčiňuje aj imunitná odpoveď na pozmenené vlastné antigény.