V obidvoch prípadoch je však prítomná virémia (v krvi sa nachádza až do 5000 vírusových častíc na mL), ktorá spôsobuje disemináciu vírusu v organizme. Obdobie latencie, kedy sa človek cíti relatívne zdravý, má rozličnú dobu. Vírus sa však pomaly rozmnožuje a inaparentne šíri, perzistuje v organizme. Z krvi takmer vymizne (menej ako 1 vírus na mL) a presúva sa do periférnych lymfatických tkanív a orgánov. V súčasnej dobe je priemerná inkubačná doba, t.j. obdobie od infekcie po rozvinutie AIDS, udávaná na 5,5 – 8 rokov, sú však známi i jedinci, ktorý sa dožili i viacero rokov. Po prepuknutí AIDSu postihnutí zvyčajne do 6 až 30 mesiacov umierajú.
Infekcia HIV, má podobne ako iné vírusové infekcie, aj svojich dlhodobo prežívajúcich. Títo sa definujú ako jedinci, ktorí sú infikovaní viac ako 8 rokov (niektorí v súčasnosti prežívajú už viac ako 15 rokov) a ktorí nemajú žiadne známky choroby. Sledovaním tejto skupiny sa zistilo, že sú infikovaní pomerne malým množstvom vírusu a vírusy sú menej cytopatogénne; u pacientov je zachovaný TH1-cytokínový profil a obranyschopnosť zabezpečujú cytotoxické lymfocyty MHC-nerestringovaným spôsobom prostredníctvom antivírusového faktora CAT, ktorý sa odlišuje od doteraz známych cytokínov.
Klinický obraz AIDSu charakterizujú predovšetkým oportúnne infekcie, vyvolané najmä Pneumocystis carinii. Zápal pľúc zapríčinený týmto mikroorganizmom je najčastejšou príčinou smrti. Z iných patogénov sú to rody Cryptosporodium, Toxoplasma a Strongoloides. Z baktérií sú to Mycobacterium tuberculosis, Salmonella, Nocardia a ďalšie. Kvasinkové a plesňové ochorenia zapríčiňujú Candida albicans, Cryptococcus neoformans, Histoplasma capsulatum atď.. Vírusové infekcie sú zastúpené vírusmi EBV, CMV, Herpes simplex, herpes zoster.

Približne u 30% chorých sa vyvinie tzv. Kaposiho sarkóm – mezenchýmový nádor. Metastázy sa môžu objaviť na koži, slizniciach, lymfatických uzlinách a v rôznych viscerálnych orgánoch.
Asi 65% chorých trpí na určitú formu demencie, charakterizovanú stratou pamäti a neuropsychickými poruchami,

Celkovo môžeme rozlíšiť 3 základné, navzájom neohraničené štádiá vo vývoji klinických príznakov ochorenia:
1. perzistentná generalizovaná lymfadenopatia (PGL), sprevádzaná únavou, subfebriliami, hnačkami a potením;
2. súbor príznakov označovaných súhrnne ako ARC (AIDS-related complex). Vedľa pretrvávajúcej lymfadenopatie sa toto štádium prejavuje horúčkami, chudnutím, hnačkami, rôznymi dermatitídami (kandidózy, herpes), vlasatá leukoplakia na jazyku a sliznici ústnej dutiny zapríčinená papillomavírusmi a vírusom EBV.