Nedostatočná vlhkosť spôsobuje vývoj nekompletnej mikroflóry s prevahou pliesní a aktinomycét, nadbytočná vlhkosť navádza anaeróbne podmienky fermentácie a dochádza ku skysnutiu kompostu.
Požiadavka na minimálnu prítomnosť fosforu v substráte (aspoň 0,2% P205 v sušine) je nutná pre vznik energeticky bohatých väzieb pri premene organických látok. Pre kompostovanie je výhodná neutrálna výmenná reakcia substrátu.
Kompostovaním je možné využiť odpady potravín, pochutín a krmív, poľnohospodárske odpady, hlavne zvieracie fekálie a rastlinný odpad, drevný odpad, hlavne stromovú kôru, piliny a štiepky, primárne a biologické papierenské kaly, textilný odpad, bioodpad vytriedený pri zdroji z domového odpadu, stabilizované čistiarenské kaly, odpady zo septikov a žúmp a pod.

Mikroorganizmy pôsobiace pri kompostovaní
Kompostovací proces je výsledkom činnosti živých organizmov, na ktorom sa zúčastňujú dážďovky, hmyz, ale predovšetkým baktérie a huby. baktérie prevažujú, tvoria 80 – 90 % zo všetkých mikroorganizmov nájdených v komposte.
Kompostovanie sa skladá z niekoľkých fáz, na ktorých sa zúčastňujú rôzne mikroorganizmy. Prvá fáza trvá niekoľko dní po pridaní nového odpadu do kompostovacieho sila a nazýva sa mezofilnou, keďže prebieha za miernych teplôt. Na začiatku mezofilné mikroorganizmy rozkladajú zložky ľahko rozpustné vo vode. Rozklad je rýchly a spôsobuje nárast teploty. Mikroorganizmy zúčastňujúce sa tejto fázy sú prevažne tie isté, ktoré prevládajú v pôde. Sú to aktinomycéty, ktoré dodávajú pôde typickú zemitú vôňu. Enzýmy aktinomycét sú schopné rozkladať trávu, kôru a aj novinový papier. Aktívnymi mikroorganizmami v tejto fáze sú aj niektoré druhy húb a Protozoa.
Mikrobiálnou aktivitou sa vytvárajú bočné produkty vrátane tepla a nastupuje termofilná fáza. Dominantnými mikroorganizmami sa stávajú tie, ktoré sú adaptované na vyššie teploty, t.j. sú termofilné. Patria sem – z baktérii Bacillus stearothermophilus, z húb Rhizomucor thermophile, Humicola insolens, Humicola langginosus, Thermoascus aurabtiacus, Aspergillus fumigatus. V roku 1996 boli objavené v komposte aj autotrofné baktérie Hydrogenobacter, ktoré boli dovtedy známe len z geotermálnych prameňov.
Termofilná fáza trvá niekoľko dní až mesiacov. Postupne rozkladná aktivita mikroorganizmov klesá a nastupuje fáza ochladenia, ktorá trvá niekoľko mesiacov. Po tom, ako teplota presiahne 40°C, mezofily hynú a sú nahradené termofilnými mikróbmi. Ideálna teplota je okolo 55°C, ktorá je letálnou pre väčšinu humánnych a živočíšnych mikrobiálnych patogénov. Kompostovanie je tak zároveň aj sterilizačným procesom. Pokiaľ však teplota prevýši túto hodnotu, môže zahubiť aj mikróby zúčastňujúce sa na rozklade.