Horúčka vystupuje až na 40-41°C, chorý je schvátený, svetloplachý, má bolesti hlavy, naozeu a zvracania. k intenzívnym bolestiam hlavy sa pripájajú bolesti šijového a chrbtového svalstva a meningálne príznaky, ku ktorým sa pridružujú príznaky encefalitídy, ako aj trias mihalníc a pier, dizartia, motorický nepokoj, šklbanie, nekoordinované pohyby, ataxia a neskôr aj spastické alebo chabé obrny. Chorý v ťažkých prípadoch delíruje, inokedy je spavý a upadá do kómy, v ktorej na 3.-7. deň zomiera. Za priaznivých podmienok trvá horúčka 3-7 dní, s jej poklesom sa progresia ochorenia zastaví a stav prechádza do rekonvalescencie. treba však zdôrazniť že nie každé pohryznutie kliešťom vedie k infekcii. Podstatná väčšina nákaz ( 70-80 % ) prebieha u infikovaných bez príznakov ako asymtomatická forma. U ostatných infikovaných môže dôjsť k tzv. abortívnej forme s 2-4 dňovými miernymi horúčkami. Iný pacienti sú postihnutí len horúčkovitou febrilnou formou a iba u malého počtu infikovaných môžu byť postihnuté mozgové blany, mozog a mozgomiešne štruktúry. Meningitická forma s obrazom seróznej meningitídy len u časti postihnutých prechádza do ťažkej encefalitickej formy. Liečba: je symptomatická špeciálny liek neexistuje.

Dôležitá je prevencia. Pri práci, turistike a poľovníctve v oblastiach výskytu kliešťovej encefalitídy treba venovať veľkú pozornosť ochrane proti pohryznutiu kliešťami a to vhodným oblečením, ktoré by malo čo najviac pokrývať povrch tela. Treba sa tiež vyhýbať oblastiam s vysokou trávou, používať repelentné prípravky, nenosiť do prírody odevy jasných farieb, ktoré priťahujú hmyz. Po návrate z prírody je nevyhnutné prezrieť si celé telo a čo najskôr odstrániť kliešťa. Pri jeho odstraňovaní treba dať pozor, aby sa kliešť nerozpučil a aby bol odstránený cely. Popísalo sa viacero odporúčaní, ako najjednoduchšie odstrániť kliešťa. Názor, podľa ktorého treba kliešťa potrieť olejom je zastaralý, pretože dusiaci sa kliešť „vyvráti „ obsah svojho žalúdka s infekčným obsahom do tela hostiteľa. Kliešťa preto uchopíme pinzetou pokiaľ možno čo najbližšie k hlavičke tak pevne, aby sa pinzeta neskĺzla. Potom ho priamo bez točenia, kývavým pohybom vytiahneme. V žiadnom prípade sa nepokúšame kliešťa vytiahnuť holými prstami.

Ochranné očkovanie sa v našich podmienkach odporúča vykonávať v jesenných alebo zimných mesiacoch pred zjavením sa kliešťov v prírode ( niekedy už v marci ).