Kedy počet obidvoch usporiadaní bola rovnaká, vyrušil by úhrnný magnetický moment všetky paralélne protóny magnetický moment protónov antiparalélnych, teda tkáň by sa znova chovala magneticky neutrálne. Pretože tomu tak však nie je (parelnych protónov je vždy viac než polovica), tkáň začína vykazovať svoj úhrnný magnetický moment, tj. navonok sa chová magneticky. Toto je vlastnosť, ktorá tvorí jeden zo základných princípov. Protóny takto usporiadané vo vonkajšom magnetickom poli sa však nechovajú staticky, zachovávajú svôj rotačný pohyb- s p i n, vykazujúci ešte jeden druh pohybu, tvz. precesiu. Jedná sa opäť o rotačný pohyb, kedy rotujúci protón sám ešte krúži okolo myslenej osy. Vlastná rotačná osa protónov vykonáva tak ešte pohyb po plášti kužeľa. frekvecia tohto precesného pohybu (tzv. Larmorova frekvencia) závisí:

1.Na magnetických vlastnostiach daného atómového jadra (konkrétne na jeho tzv. gyromatickom pomere)
2.Na intenzite vnútorného magnetického poľa. Matematickým vyjadrením tochto vzťahu je tzv. Larmorova rovnica.

Protóny vystavené magnetickému poľu MR magnetu usporiadajú svoje rotačné osy rovnobežne s priebehom siločiar magnetického poľa, okolo ktorých vykonávajú pohyb zvaný preces. Protóny, ktoré majú svoje magnetické momenty súhlasne orientované s vektorom magnetického poľa MR magnetu (tj. sú usporiadané paralélne), je o niečo málo viac než poloviaca (v dannej vzorke tkáni povedzme 1 000 006, protónov usporiadaných antiparalélne je neparne menej (napr. 1 000 000).
Milión protónov antiparalélnych vyruší magnetický moment rovnakého počtu protónov parqalélnych , a ostáva nám tak v dannej vzorke tkáni šesť nadpočetných paralélnych protónov, ktoré sú zodpovedné za to, že tkáň začne vykazovať svoj vlastný úhrnný magnetický moment. Jednotlivé tkáne, tím že majú rôznu biochemickú štruktúru (a tím i rôznu hustotu), sa takto navonok prejavujú rôzne veľkými magnetickými momentami, a dávajú nám tak zásadnú informáciu o svojom zložení. Ako teda zistíme veľkosť vektorov tkáňovej magnetizácie? Zmeníme oriantáciu úhrnného vektoru tkáňovej magnetizácie v priestore (zatiaľ bol vektro tkáňovej magnetizácie orientovaný tzv. logitudinále, tj. pozdĺž s priebehom siločiar vnútorného magnetu). Tak sa tento vektor dostane zo ,,zákrytu“ so silným poľom Mr magnetu a tim sa „zviditeľní“. Aby sme protóny vychýlili z ich pôvodnej ustálenej polohy musíme im dodať energiu. Naviac energiu v takej podobe, ktorú budú protóny schopné prijať. Vyšleme teda do tkáne elektromagnetický impulz. Aby bol prenos energie dokonalý, zvolíme takú frekvenciu elektromagnetického vlnenia, ktorá je totožná s frekvenciou pohybu protónov – Larmorovú frekveniu.