Není ovšem jednoznačně prokázáno, zda replikace poškozeného genetického materiálu představuje skutečně replikaci viru. V těle člověka se zdá, přestože ještě nemáme dostatek výsledků, že lék účinkuje dobře po dobu jednoho až dvou let, poté však replikace HIV pokračuje. Nevýhodou tohoto léku je to, že mívá zároveň nepříjemné škodlivé vedlejší účinky. Mezi ně patří zvracení, poškození jaterních funkcí, bolesti hlavy a chudokrevnost (anémie), úbytek kostní dřeně, makrocytózy, leukopenie, neutropenie, potřeba transfúze, karcinogenní účinek, zmenšení odolnosti vůči příležitostným infekcím a ostatním komplikacím AIDS, vyplavení chloroplastů z buněk, narušení mitochondrií a v důsledku toho narušení mitochondriální dědičnosti a úbytek svalstva. Někteří nemocní ho kvůli vedlejším účinkům užívat nemohou, jiní ho raději sami odmítají. Navíc se Národní ústavy zdraví i farmaceutické společnosti staly terčem tvrdé kritiky: propagují drahý a toxický lék, místo aby byly používány léky jednodušší, levnější a bezpečnější. Poněkud paradoxně tak po zavedení AZT v USA vzniklo období největšího napětí mezi populací postižených AIDS a zdravotnictvím. Viramune (nevirapin, NVP)

Na 7. konferenci o retrovirech a oportunních infekcích v San Francisku byly prezentovány výsledky, které prokázaly významnou účinnost přípravku Viramune v léčbě infekce HIV-1. Viramune byl při testování používán v kombinaci s dalšími antiretrovirovými prostředky. Analýza, která byla na konferenci předložena, hodnotila 171 pacientů bez retrovirů, kteří dostávali AZT a 3TC v kombinaci buď s Viramunem, nebo s placebem (77 Viramune a 94 placebo) jako součást rozsáhlé mezinárodní studie. (Přibližně 25 % pacientů zařazených do studie mělo výchozí ,,virovou nálož“ vyšší než 500 000 kopií/ml, tedy měli v krvi obrovské množství viru.)

Podáváním trojkombinace VIRAMUN+AZT+3TC bylo dosaženo poklesu hladiny HIV v krvi pod hranici detekovatelnosti u 45 % pacientů do jednoho roku. Tento výsledek byl zaznamenán pomocí vysoce citlivého testu schopného detekovat virus v krvi při hladině 50 kopií/ml za použití striktní intent-to-treat analýzy. Tento typ analýzy bere v úvahu všechny pacienty, včetně těch, kteří ukončili léčbu před zakončením studie. U pacientů byl pozorován vzestup CD4+ buněk v průměru o 137. V současné době však nejsou k dispozici žádné výsledky kontrolovaných klinických studií posuzujících účinky Viramunu, kombinovaného s dalšími antiretrovirovými prostředky, na klinickou progresi infekce HIV-1, např. výskyt oportunních infekcí nebo délku přežití.