Dôležitú úlohu majú zmeny súvisiace s intenzifikáciou lesného hospodárstva (napríklad zakladanie monokultúr, skracovanie intervalov medzi výrubmi, holoruby, ťažby v starých porastoch, obmedzovanie prirodzeného rozkladu dreva, výstavba lesných komunikácií) a poľnohospodárstva (meliorácie vresovísk, likvidácie xerotermných trávových spoločenstiev, osamelých stromov, balvanov na lúkach, nadmerný prísun prirodzených a priemyselných hnojív atď.) Lokálne, najmä v turisticky exponovaných horách, má značne negatívny vplyv na lišajníky predovšetkým masový rozvoj rekreácie, turistiky a športu (ušliapavanie zemných druhov, poškodzovanie stielok na skalách, eutrofizácia, priama likvidácia stanovíšť spojená so stavbou telovýchovných zariadení a ciest.)
Ohrozeniu neunikli ani vodné lišajníky. Rastú na kmeňoch buď úplne ponorených vo vode ,
alebo aspoň občas zaplavovaných. Znečistenie vôd je všeobecný problém. Ide nielen o priame
znečistenie biologickými alebo priemyselnými odpadmi, ale aj o okyslenie vplyvom znečistenia ovzdušia a vodných zrážok. Významné je aj ničenie a znehodnocovanie zriedkavo sa vyskytujúcich biotopov a podkladov. Uvedieme aspoň niekoľko príkladov: zasypávanie starých tehelní, likvidácia starých drevených stavieb a zariadení, opätovná ťažba starých háld.
Dôležitým rizikovým faktorom je aj celková vzácnosť výskytu určitého druhu lišajníka, najmä ak ide o druh s veľmi obmedzeným rozšírením. Tu potenciálne ohrozenie každej lokality môže byť veľmi dôležité pre ďalšiu existenciu takéhoto taxónu.
Lišajníky slúžia ako potrava zvieratám, ako materiál na stavanie vtáčích hniezd poskytuje domov stovkám druhov drobných živočíchov (roztočom, larvám)
Aj človek má z lišajníkov úžitok. V minulosti bola pľuzgierka islandská predpisovaná ako liek. Moderný výskum objavil v lišajníkoch látky účinné proti: zápalu pľúc, tuberkulózy.
V priemysle sa používa na výrobu lakmusového papiera.
Sú zvlášť citlivé indikátory ovzdušia pohlcujú a uchovávajú rádioaktívne izotopy vo vysokých koncentráciách preto predstavujú nebezpečenstvo pre tvory ktorým slúžia ako potrava. .