Na izoláciu DNA je dôležité dôkladné rozrušenie pletív buniek a ich súčastí. Možno povedať, že bunky vyšších organizmov deštruujú ľahšie a jednoduchšie, naopak rastlinné bunky a pletivá a bunky mikroorganizmov sú rezistentnejšie a ich rozbíjaním sa môžu niekedy poškodiť i štruktúry niektorých druhov nukleových kyselín. Bunky sa obvykle rozrušujú v prostredí príslušného extrakčného činidla, ktoré má overenú iónovú silu, reakciu prostredia obsahuje inhibítory nukleáz a pod. Neúplná deštrukcia analyzovanej vzorky tkaniva alebo buniek sa nemusí prejaviť len nižším výťažkom nukleových kyselín ale napr. v rastlinnom materiáli ľahšie uskutočniteľné rozrušenie mladších druhov buniek môže viesť k selektívnej extrakcii nukleových kyselín týchto mladších druhov buniek. Jedným z najviac používaných postupov deštrukcie rastlinných buniek a pletív je mechanické rozdrvenie materiálu, ktoré však niekedy môže zapríčiniť i čiastočnú degradáciu nukleových kyselín.

Výhodnejším môže byť ,zmrazenie rastlinného materiálu v kvapalnom dusíku s nasledujúcim rozdrvením na prášok a a extrakciou v mixéri alebo v sklenenom homogenizátore. Extrakt z mimoriadne ťažko deštruujúceho materiálu možno získať tak, že sa pletivo najprv odvodní v 95% etanole alebo etylénglykole a extrakt sa potom postupne premýva etanolom, etanolom – etyléterom v pomere 3:1, etanolom – etyléterom v pomere 1:1 bezvodným etyéterom a nakoniec sa dosuší v prúde dusíka.

Pri izolácii nukleových kyselín sa používajú extrakčné médiá, ktoré sa zvyčajne skladajú zo základného tlmivého roztoku ku ktorému sa pridávajú deproiteinačné činidlá, detergenty s hlavnou úlohou uvoľniť nukleové kyseliny z ich väzby na bielkoviny, inhibítory nukleóz a ďalšie špecifické zlúčeniny. Medzi inhibítory ribonukleóz a deoxyribonukleóz patrí etyléndiamíntetraacetát, bentonit, proteáza Streptomyces griseus, dietylpyrokarbonát, makaloid tj. záporne nabitý silikát, aniónové detergenty ako sodné a lítne soli laurylsíranu a deoxycholátu, ktoré sú silné inhibítory nukleáz a dietylaminoetyl – dextrán, ktorý chráni RNA a DNA pred pôsobením príslušných nukleáz.

Uvoľnenie väzby medzi nukleovou kyselinou a bielkovinou sa dá šetrne previesť pomocou viacerých zväčša aniónových detergentov pridaných do extrakčného média. Z najviac používaných sú to tieto detergenty : sodná alebo lítna soľ laurylsíranu , laurylsarkozinát sodný, deoxycholát sodný, naftalén – 1,5 – disulfonát sodný, toluén – p – sulfonát a p - aminosalicilát vo forme sodnej soli, ktorý pri fenolovej extrakcii umožňuje lepšie uvoľňovanie NK z bunkových štruktúr a z ich väzby na bielkovinovú zložku.

Dôkladné prečistenie preparátov NK od bielkovinových prímesí, sa dá uskutočniť viacerými postupmi, v ktorých použité činidlá denaturujú prítomné bielkoviny a NK zostávajú rozpustené vo vodnej fáze bez toho aby sa porušila ich štruktúra. Z deproteinizačných prostriedkov sa na izoláciu NK používajú najčastejšie : fenol, chloroform, guanidinchlorid, chloristan sodný. Preparáty NK pripravené základnými izolačnými postupmi obvykle nepredstavujú homogénne poulácie. Nejde tu len o zmesi jednotlivých druhov NK, ale často i o prímes iných interferujúcich látok, najmä polysacharidov a ďalších iných fosfátových esterov.

Oddelenie NK a polysacharidov možno urobiť pomocou cetyltrimetylamoniumbromidu (CTA). Pomocou neho možno oddeliť oba druhy NK, pričom polysacharidy a väčšina ďalších fosfátových esterov zostáva v roztoku. CTA – soli NK sa odcentrifugujú, opakovane sa premyjú 70% etanolom a etyléterom a nakoniec sa dosušia vo vákuu.

Prečistenie DNA od prímesí RNA sa môže robiť enzymaticky, izopropylalkoholom a fenolovou extrakciou. Enzymaticky sa DNA od RNA očisťuje pomocou špecifických ribonukleáz, ktoré degradujú RNA na oligoribonukleotidy. Deproteinovaný bunkový extrakt sa nechá inkubovať 30 minút pri 37 oC v prítomnosti pankreatickej ribonukleázy z ktorej sa musia pred samotným použitím odstrániť stopy deoxyribonukleázy. 0,2 % roztok kryštalickej pankreatickej ribonukleázy v 0,15 mol.dm-3 roztoku chloridu sodného s pH 5,0 sa predinkubuje 10 minút pri 80 oC. Preparát DNA sa po inkubácii s enzýmom precipituje etanolom, kým hydrolyticky uvoľnené oligoribonukleotidy zostávajú v roztoku.