Pesticícidy a priemyslové odpady,
ktoré otravujú živočíšnych i rastlinných obyvateľov koralových útesov zaradíme medzi znečistenie. Odpadové vody a zvyšky hnojív používaných v poľnohospodárstve ničia pohlavné generácie rias , pretože v morskej vode znižujú hladinu kyslíka, ktorý je pre organizmy žijúce na koralových útesoch dôležitý.

Obrovské škody napácha každé znečistenie mora ropou.
Napríklad jeden z koralových útesov v Karibskom mori sa nachádza nedaleko ropnej rafinérie a už niekoľko rokov je vystavený znečisteniu vody ropou a viditeľne odumiera. Koraly poškodené ropou už nikdy nie sú schopné regenerácie.

Medzi znečistenie môžeme zaradiť aj zanášanie bahnom
. Zanášanie bahnom citlivý ekosystém koralových útesov nemálo poškodzuje. Keď bahno prinášané z pevniny niektorou riekou zakalí morskú vodu, k rastlinám na koralových útesoch sa dostane menej svetla a poškodeniu sa nevyhnú ani symbiotické riasy žijúce v telách koralov.

Situácia vo svete a výskyt
Rozloha koralových útesov na celej Zemi sa odhaduje na 284 300 kilometrov štvorcových, čo nie je viac ako polovica rozlohy Francúzska, alebo desatina percenta povrchu svetových oceánov. Väčšinou sa nachádzajú na brehoch morí, maximálne však v hĺbke do dvoch kilometrov a spadajú do teritórií 101 krajín. Najviac, 33 percent je okolo ostrovov Filipín, Indonézie, Malajzie a Papuy Novej Guiney, kde možno nájsť až 600 rôznych druhov týchto netradičných živočíchov. Najviac
ohrozené koraly sú práve vo Filipínach. Najväčším útvarom je Veľká bariéra pri brehoch Austrálie. No známy koralový útes nájdete aj vodách Nórska. Dĺžka lophelského koralu je až 425 kilimetrov!

Čo sa pre ochranu koralových útesov robí a čo by sa robiť malo Tlak na koralové útesy po celom svete neustále rastie a opatrenia na ich ochranu sú dnes bezpodmienečne nutné. Niektoré z nich sa dajú realizovať pomerne ľahko, iné vyžadujú vysoké náklady a zložitú medzinárodnu spoluprácu. Mnohé krajiny už pochopili význam koralových útesov a nebezpečenstvo, ktoré im hrozí, a vyhlásili ich za prírodné rezervácie. V súčastnosti existuje vyše 300 chránených koralových
útesov, ktoré sa nachádzajú na území 60 štátov po celom svete. Kľúčovú úlohu pri zachovávaní koralových útesov však zohráva ich prezieravé obhospodárovanie. Ak sa podarí udržať rybárstvo a turistiku v únosných medziach, potom bude možné bohatstvo koralových útesov využívať bez akéhokoľvek výraznejšieho poškodenia. Preto ten, komu záleží na budúcnosti koralových útesov, by nemal túžiť po suveníroch, ktoré pochádzajú priamo z útesov. A nielen tí, ktorým záleží na prírode by
nemali kupovať suveníriy z koralov! Ak si totiž na dovolenke pri mori zakúpite od nejakého „domorodca“ koralový suvenír a príslužník miestnej polície ho u vás objaví, máte mimoriadnu smolu. Musíte zaplatiť nehoráznu pokutu, alebo vás zatknú. Taktiež pri návrate z dovolenky vám v lietadle „presvietia“ všetku batožinu. Ak v nej colníci nájdu nejaký výrobok z koralu,  hrozí vám namiesto návratu domov cesta do väzenia.
Problémy vyplývajúce zo znečisťovania morí a oceánov a problémy vyplývajúce z globálneho otepľovania sa však nedajú vyriešiť iba ochranov útesov a ich vyhlasovanie za rezervácie, ale je tu nevyhnutná predovšetkým účinná medzinárodná spolupráca.

„Vybielovanie“ koralových útesov
V poslednom období sa často objavujú správy, že dochádza k „vybielovaniu“ koralových útesov. Niektoré útesy skutočne strácajú svoje prekrásne farby a nadobúdajú mŕtvolne bielu farbu. V septembri 1987 sa potápači pri brehoch Portorika namiesto do krištáľovo čistej vody ponorili do žltohnedých mračien, ktoré boli výsledkom narušenej symbiózy koralov a určitých morských rias. Prespokladá sa, že tieto riasy podporujú vývin a rast koralových polypov a v konečnom dôsledku
teda pomáhajú pri produkcii vápenca, ktorý tvorí samotné útesy. Potápači teda vplávali do oblakov rias, uvoľnených z koralov, vznášajúcich sa voľne vo vode, keď bol ich životne dôležitý vzťah s polypmi vážne narušený. Za hlavnú príčinu tohto narušenia symbiózy koralov a rias vedci považujú nárasty teplôt morskej vody. Aj keď  určité výkyvy teplôt morskej voy sú celkom normálne a majú svoje prirodzené príčiny, usudzuje sa, že narastajúci rozsah a intenzita „vybielovania“ koralov v osemdesiatych rokoch (dosiaľ najteplejšom desaťročí) sú dôsledkom globálneho oteplovania. Pokým sa ľudstvu nepodarí obmedziť skleníkový efekt, alebo ho aspoň
dostať pod kontrolu, budú koraly pravdepodobne umierať aj naďalej. A najsmutnejšie na tom je, že skleníkový efekt nemá dosah „len“ na koralové útesy, ale bohužiaľ na prírodu celej našej zeme.