Jednotlivé pramene sa líšia obsahom minerálií a kysličníka uhličitého. Najviac mineralizovaný je prameň Herkules, najmenej Anna a Klára. Škálu medzi týmito tvoria pramene: Lekársky, Kolonádový, Alžbeta, Napoleón a Hlavný. Na základe chemických analýz minerál.vôd z jednotlivých prameňov, vedeckého zdôvodnenia a dlhoročných praktických skúseností využívajú sa tunajšie liečivé vody podľa druhu a charakteru choroby –buď vnútorne (pitná kra, inhalácia, výplachy horných dýchacích ciest), alebo zvonku (obklady, vaňové kúpele). Pitná kúra sa absolvuje pri vývode prameňa v kolonáde podľa predpisu ošetrujúceho lekára. Dennú dávku, teplotu, spôsob aj čas pitnej kúry stanoví lekár na základe vyšetrenia.
Dlhodobé pitie minerálnych vôd môže mať aj nežiadúce účinky- subjektívne obtiaže pacienta a poruchy trávenia. Preto je širokej verejnosti prístupný len Ľudový prameň, kým kolonáda je zariadením určeným výlučne pre kúpeľných pacientov.
Liečebné postupy komplexnej kúpeľnej liečby sú vedecky zdôvodnené, rozpracované a v dlhodobej praxi overené. Stanovujú ich odborní lekári- balneológovia a internisti v úzkej spolupráci so špecialistami centrálnych vyšetrovacích zariadení. Pracoviská sú vybavené najmodernejšou diagnostickou a terapeutickou technikou.
Súčasťou liečby okrem balneofyziatrických a balneohydroterapeutických procedúr a medikamentov je aj diétne stravovanie, pohybová liečba, klimatické podmienky prostredia, liečebný režim. Počas liečby sa dbá na úpravu a fixáciu správnej životosprávy pacientov a na vytváranie zdravých návykov, ktoré by pretrvávali aj po skončení liečebného pobytu. Tomu napomáha aj organizovaná kultúrna starostlivosť (koncerty, recitály, divadelné a filmové predstavenia, lekárske prednášky atď.), možnosti záujmovej činnosti (čitárne, knižnice, televízia, rozhlas, spoločenské hry, tematické zájazdy na pamätné miesta, za historickými pamiatkami a pod.), ale i dobré podmienky na rekreačné športovanie v letnom aj zimnom období (volejbal, tenis, minigolf, plávanie, lyžovanie, korčuľovanie, vychádzky a túry lesoparkom a iné).
Zdravotné problémy, ktoré sa v Bardejovských Kúpeľoch liečia, si vyžadujú komplexnú starostlivosť, preto má kúpeľná liečba prednosť pred inými spôsobmi liečby. Minerálne zloženie jednotlivých prameňov predurčilo ich terapeutické využitie a stalo sa základom širokej indikačnej škály chorôb, ktoré sa tu liečia. Ide predovšetkým o tri skupiny ochorení:
1) choroby tráviaceho ústrojenstva
-funkčné poruchy pažeráka a žalúdka
-vredová choroba dvanástnika a žalúdka
-pooperačné stavy žalúdka a dvanástnika
-motoricko- vyprázdňovacie poruchy čriev
-funkčné poruchy žlčníka, žlčových ciest a ich chronické zápaly a pooperačné stavy
-stavy po infekčnom zápale pečene a vleklé ochorenia pečene
-stavy po akútnom zápale slinivky brušnej
-chronické ochorenia slinivky brušnej
2) choroby látkovej premeny
-cukrovka bez komplikáciií aj s komplikáciami
-poruchy tukového metabolizmu
3) nešpecifikované choroby dýchacieho ústrojenstva
-zápaly priedušiek
-priedušková astma
-stavy po opakovaných zápaloch pľúc
-stavy po operáciách dolných dýchacích ciest
-zápaly so zdurenou sliznicou horných ciest dýchacích
-alergické katary nosa
-chronické zápaly prínosných dutín
-stavy po operáciách na horných cestách dýchacích
KULTÚRNE A SPOLOČENSKÉ ZARIADENIA
V jednotlivých kúpeľných liečebných domoch sú pacientom k dispozícii spoločenské miestnosti s rádiom, televízorom, čitárne, požičovne kníh, herne, klubovne. Spoločenský a kultúrny život pacientov, divadelné, hudobné, estrádne vystúpenia amatérskych i profesionálnych umelcov, vernisáže a výstavy obrazov, fotografií, plastík, vlastivedno- náučné zájazdy a podobne, organizuje kultúrne oddelenie kúpeľov.
V kúpeľnom parku sa nachádza hudobný pavilón, kde sa konajú promenádne koncerty v rámci Hudobného leta.
Kolonáda slúži v prvom rade na liečbu pitnými kúrami. Svojou rozlohou, architektonickým riešením i výzdobou sa však stáva po celý rok obľúbeným miestom spoločenských stretnutí pacientov.
Šarišské múzeum už od založenia roku 1903 zameralo svoju činnosť na zbernú oblasť historického regiónu Šariš, dnes plní funkciu historického múzea. Historické územie s exponátmi z praveku, ale najmä s bohatými zbierkami gotického a renesančného umenia, cechovými pamiatkami, cenným archívom, mestskými účtovnými knihami, prvotlačami bardejovskej tlačiarne zo 16. st. je umiestnené v historickej bardejovskej radnici.