Bunkové povrchy
Bunky sú od okolia oddelené bunkovými blanami. Cytoplazmatická membrána – je veľmi jemná, má zložitú štruktúru. Obsahuje veľa enzýmov. Je to povrchová membrána rastlinných a živočíšnych buniek. Selektívne (výberovo) reguluje príjem a výdaj látok. Obsahuje receptory na zachytávanie signálov z prostredia. Bunková stena – vzniká na vonkajšej strane cytoplazmatickej membrány. Jej základnou funkciou je mechanická ochrana rastlinnej bunky, bunky baktérií a húb. Tvorí ju najmä buničina – celulóza. Je priepustná.

Cytoplazma
Tvorí vnútorné prostredie bunky. Je to dynamický útvar, v ktorom neustále prebieha výmena látok a energie. Je to koloidná sústava rozličných organických a anorganických látok. Je polopriepustná.

Membránové štruktúry
Bunkové jadro (nucleus – lat.; karyon – gr.) tvorí najdôležitejšiu časť bunky. Je to základná bunková organela všetkých organizmov. Jadro sa vyskytuje vo všetkých eukaryotických bunkách. Má regulačnú a riadiacu funkciu v bunke. Na povrchu je kryté dvojitou jadrovou membránou – karyolémou tá má póry anuly; vo vnútri je hmota – karyoplazma, ktorá obsahuje chromatín a jadierko. Chromatín je hlavná zložka chromozómov, ktoré sú nositeľmi dedičnosti. Jadierko (nucleous) nepredstavuje stálu štruktúru jadra, počas jadrového delenia sa stráca. Tvorí sa v ňom ribozómová RNA, r-RNA, a z nej sa spolu s bielkovinami v cytoplazme tvoria ribozómy.

Plastidy – sú typické pre rastlinné bunky. Nimi sa rastlinná bunka odlišuje od živočíšnej. Sú obalené membránou. Ich základnou funkciou je primárna syntéza sacharidov v procesoch fotosyntézy. Plastidy môžu byť chloroplasty, ktorých súčasťou sú mechúriky – tylaktoidy, uplatňujú sa pri fotosyntéze, zelené; chromoplasty – nach. sa v listoch plodoch, žltooranžové; leukoplasty – bezfarebné, majú zásobovaciu funkciu.

Mitochondrie – sú energetickým a metabolicko-respiračným centrom bunky. Obsahujú bielkoviny, fosfolipidy, RNK, nukleoproteidy, vitamíny (A, B, C,), meď, chróm a veľa enzýmov. Sú od cytoplazmy oddelené dvojitou membránou. Vonkajšia je hladká. Vnútorná poprehýbaná, vytvára výbežky - kristy. V nich je lokalizovaný dýchací reťazec. Vnútro mitochondrie vypĺňa hmota – matrix, v nej sa nachádza mitochondriálna DNA. Nesie genetickú informáciu pre mitochondrie.

Endoplazmatické retikulum - vidieť ho v elektrónovom mikroskope, javí sa ako sústava pospájaných kanálikov. Môže mať dve formy. Zrnitá (drsná) – na jej membránach sa nachádzajú ribozómy, podieľa sa na syntéze bielkovín a hladká forma je bez ribozómov a tá sa podieľa na syntéze lipidov, vitamínu D. ER umožňuje vnútrobunkový a medzibunkový transport látok.

Ribozómy – nemajú membránovú štruktúru. Sú to zrnité nukleoproteínové častice, ktoré sa nachádzajú na povrchu endoplazmatického retikula. Sú viditeľné elektrónovým mikroskopom. Chemicky ich tvoria bielkoviny, lipidy a ribozómová RNA. Ribozómy majú dôležitú úlohu pri syntéze bielkovín.
Golgiho aparát – vyskytuje sa v rastlinných a živočíšnych bunkách. Tvoria ho všetky diktyozómy prítomné v bunke. Diktyozómy tvorí súbor kanálikov. Často sa nachádza v blízkosti jadra a endoplazmatického retikula. Jeho úloha v bunke je syntetická (produkcia enzýmov) a sekrečná (upravuje látky do takej podoby aby ich bunka mohla vylúčiť.

Vakuoly – majú ich rastlinné bunky, v živočíšnych bunkách sa vyskytujú zriedka. Sú to dutinky v cytoplazme buniek. Obsahujú zásobné látky, bunkovú šťavu. Slúžia na vyrovnávanie osmotického tlaku medzi bunkou a prostredím. Zúčastňujú sa aj na rozkladných procesoch v bunke. Pulzujúce, tráviace a vylučovacie vakuoly sú významnou súčasťou živ. buniek, napr. prvokov.
Lyzozómy – sú to malé mechúriky - vezikuly. Obsahujú veľa hydrolytických enzýmov. Zúčastňujú sa na vnútrobunkovom trávení a rozklade rôznych častí bunky alebo molekúl.