Podľa časového priebehu infekcie sa rozoznávajú akútne infekcie, ktoré trvajú niekoľko dní až týždňov, neobvykle prudký priebeh akútnej infekcie sa označuje ako fulminantný. Subakútne infekcie trvajú niekoľko mesiacov a majú spomalený priebeh, chronické infekcie trvajú celé roky. Chronické infekcie môžu prebiehať manifestne alebo bez príznakov. Ak prítomnosť agensa možno dokázať bežnými diagnostickými postupmi, hovorí sa o perzistentnej infekcii (cytomegalovírusová infekcia), ak takýto dôkaz nie je dostupný, agens je v organizme prítomný v neinfekčnej forme, hovorí sa o latentnej (skrytej) infekcii (napr. intervaly medzi manifestným herpes labialis). Ak v priebehu rekonvalescencie ochorenie znovu vzplanie hovorí sa o relapse, ak mikrób, ktorý vyvolal ochorenie pretrváva v makroorganizme a za určitých podmienok sa ochorenie znova vráti, hovorí sa o recidíve. Ak ďalšia nákaza vyvolaná iným druhom mikróba nasadá na infekciu pôvodnú, ide o superinfekciu.

Prameň pôvodcu ochorenia môže byť chorý človek, zviera alebo nosič patogénneho mikroorganizmu. Prenos pôvodcov ochorenia sa uskutočňuje priamo alebo nepriamo. Priamy prenos je najčastejšie priamym stykom (kontaktom). Môže ísť aj o transplacentárny prenos z matky na plod, alebo počas pôrodu (perinatálne).

Bakteriálne toxíny sa delia na exotoxíny a endotoxíny podľa toho, či sa z bakteriálnej bunky vylučujú v priebehu rastu do prostredia, alebo sú pevne viazané na jej stenu a do okolia sa uvoľňujú až po rozpade baktérie.

Bakteriálne exotoxíny sú toxické vysokomolekulárne termolabilné proteíny s imunogénnymi vlastnosťami. Sú imunogénne - v organizme vyvolávajú tvorbu špecifických protilátok - antitoxínov, ktoré majú protektívny (ochranný) účinok. Detoxikáciou (napr. formaldehydom) strácajú biologický účinok, ale zachovávajú si antigenicitu a menia sa na toxoidy (anatoxíny), ktoré sa využívajú k aktívnej imunizácii. Imunizáciou zvierat aktívnymi alebo detoxikovanými toxínmi sa získavajú antitoxické séra (napr. antidifterické, antibotulinické, antitetanové a pod.), ktoré sa používajú u ľudí na pasívnu imunizáciu pre profylaktické a terapeutické účely.

Podľa miesta účinku na bunky sa bakteriálne toxíny delia do dvoch skupín:

1)toxíny s primárnym účinkom na membránu eukaryotických buniek sa označujú ako cytolytické a
2)toxíny, ktoré prenikajú po väzbe na špecifický receptor bunky do cytoplazmy, kde ovplyvňujú rôznymi mechanizmami fyziológiu bunky, označujú sa ako cytotonické.

Podľa cieľových orgánov, na ktoré toxíny pôsobia sa delia na:
1)neurotoxíny (napr. botulotoxíny, tetanospazmín)
2)enterotoxíny (choleragén, termolabilný a termostabilný enterotoxín E. coli, stafylokokové enterotoxíny)
3)dermonekrotoxíny (difterický, stafylokokový a-toxín - hemolyzín, toxíny Arcanobacterium haemolyticum)
4)kardiotoxíny (difterický toxín, oxygénlabilný streptolyzín)
5)kapilarotoxíny (toxín B. anthracis)
6)hemolyzíny (klostrídiové, stafylokokové, streptokokové, tetanolyzín, listeriolyzín, pneumolyzín)
7)toxíny s vlastnosťami superantigénov (stafylokokový TSST-1, streptokokové pyrogénne toxíny a ďalšie).

Superantigény sú antigény, ktoré pre svoju interakciu s imunitným systémom nevyžadujú spracovanie antigén - prezentujúcimi bunkami. Toxicky pôsobiace enzýmy – prienikové faktory sú účinné hydrolytické enzýmy rozrušujúce medzibunkovú hmotu. Sú súčasne aj faktormi invazivity. Sem patria:

a) hyaluronidáza (streptokoková, stafylokoková, klostrídiová), ktorá rozpúšťa medzibunkové tunely depolymerizáciou kyseliny hyaluronovej prítomnej v medzibunkových priestoroch a uľahčuje baktériám prenikať do hĺbky tkanív,
b) bakteriálne kinázy (streptokináza, stafylokináza), ktoré majú fibrinolytický účinok, degradujú fibrín a umožňujú baktériám šíriť sa do okolia. Fibrinolytický efekt sa využíva aj v terapii na rozpúšťanie krvných zrazenín pri tromboembolických stavoch,
c) proteolytické enzýmy - kolagenázy (Cl. perfringens), elastázy (P. aeruginosa), plazmokoagulázy (S. aureus) aktivujú premenu fibrinogénu na fibrín, čím chránia baktérie pred fagocytózou,
d) deoxyribonukleázy (streptokokové, stafylokokové, klostrídiové), ktoré rozrušujú jadrá buniek, znižujú hustotu hnisu.

Bakteriálne endotoxíny sú (na rozdiel od exotoxínov produkovaných do prostredia pri rozmnožovaní baktérií) pevne viazané na bunkovú stenu a tvoria súčasť jej štruktúry. Z bunky sa uvoľňujú až po jej rozpadnutí. Patrí sem lipopolysacharid gram- baktérií (LPS) a teichoová kyselina spolu s fragmentmi peptidoklykanu gram+ baktérií. Lipopolysacharid sa skladá z troch častí: vlastná toxická časť – lipid A, stredná polysacharidová časť a sacharidový reťazec nad povrchom bunkovej steny. LPS je usporiadaný ako dvojvrstva, hydrofilná časť je tvorená polysacharidom, hydrofóbna časť lipidom, je termostabilný. Vyznačuje sa výrazným a komplexným biologickým a imunologickým účinkom: