Počas uskladňovania kontrolujeme teplotu a zdravotný stav hľúz. Odchýlky od optimálnej teploty sa usilujeme odstrániť vetraním, pri silnejšom výskyte chorôb zemiaky pretriedime. Menšie množstvá sadivových zemiakov sa s výhodou uskladňujú priamo v nízkych prepravkách, v ktorých potom hľuzy pred vysádzaním predkličujeme. Optimálne podmienky uskladnenia závisia od vlastností odrody. Podľa nárokov na skladovacie teploty sa zemiaky rozdeľujú do troch skupín: zemiaky citlivé na nízke teploty sa uskladňujú pri +5 až +7 °C, málo citlivé pri +3 až +4°C a ostatné pri +4 až +5°C. Optimálna vlhkosť vzduchu na uskladnenie zemiakov je 85 až 90%. Je potrebné dostatočné vetranie, najmenej 10 m3 za 1 h na 1 t zemiakov. Vyššie teploty podporujú vyrastanie hľúz ako aj rozvoj rôznych skládkových chorôb, najmä fytoftóry. Nadmerná vlhkosť vzduchu zasa podporuje plesnivenie.

 Doba praktického uchovania zemiakov je podľa odrody, podmienok a spôsobu uloženia okolo 6 mesiacov. Ak skladujeme zemiaky na predaj, treba ich pred uvedením na trh upraviť podľa potravinového kódexu. Zemiaky sa triedia podľa príslušnej normy, prípadne sa umývajú a potom expedujú v prepravkách, vreciach alebo v spotrebiteľskom balení v sieťových vrecúškach. Straty zemiakov v malých pivniciach a hrobliach presahujú často 15 % celkového množstva, v špeciálnych, prípadne chladených skladoch iba 5%. Straty na akosti v priebehu skladovania nie sú veľké. Ako vyplýva z mnohých štúdií, ktoré sledovali pokles pôvodného množstva nutrične významných zložiek, nedosahujú straty energetickej hodnoty za šesť mesiacov ani 10 % pôvodnej hodnoty (pokles z 3310 na 3100 kJ/kg).

Obsah bielkovín, tukov, sacharidov a vlákniny sa po šiestich mesiacoch skladovania takmer nemení s výnimkou sacharidov (najmä škrobu) ktorých živý zemiak spotrebúva pre svoju výživu za šesť mesiacov asi 10 %. Taktiež obsah prítomných minerálnych látok, ako je vápnik (obsah po zbere 140 mg/kg), železo (8 mg/kg), sodík (70 mg/kg), horčík (170 mg/kg), fosfor (500 mg/kg), draslík (3600 mg/kg), zinok (3 mg/kg), jód (0,03 mg/kg) a ďalšie, sa počas skladovania príliš nemení. Ich maximálne straty neprekračujú zvyčajne 10 % pôvodnej hodnoty. Straty vitamínovej hodnoty počas skladovania zemiakov sú pri jednotlivých vitamínoch rôzne. Obsah vitamínov rozpustných v tukoch, ako je provitamín A (ß-karotén) a vitamín E (tokoferol) sa prakticky nemení. Straty vitamínov skupiny B po šiestich mesiacoch sa pohybujú v rozmedzí od 12 % (vitamín B1 - thiamín) do 28 % (vitamín B6 – folacín). Najväčšie straty má veľmi chúlostivý vitamín C – kyselina askorbová. Po zbere je prítomná v zemiakových hľuzách v množstve až 130 mg/kg a počas šiestich mesiacov jej obsah klesá postupne až na 40 mg/kg.

Napriek tomu je to v období celkového vitamínového deficitu na jar cenný nutričný prínos. Popri týchto všeobecne známych nutričných zložkách však zemiaky obsahuje aj rad ďalších tzv. chemoprotektívnych látok, ktoré priaznivo ovplyvňujú naše zdravie a znižujú riziko ochorenia. Sú to napr. karotenoidy, fenolické zlúčeniny ako triesloviny, rad polyfenolov, flavonoidy; vláknina, pektinové látky, aminokyseliny, cinamové kyseliny, alantoin a mnohé ďalšie. Pri starostlivom dodržiavaní zásad správneho skladovania môžeme teda mať po celú zimu naporúdzi akostné, chutné a zdravé zemiaky.

Delenie zemiakov podľa obdobia zberu 1. skoré (do júna), 2. poloskoré (do augusta), 3. neskoré (od septembra, vhodné na skladovanie). Delenie zemiakov podľa použitia 1. stolové (menej škrobu, viac bielkovín), 2. priemyselné (viac škrobu) - využívané na výrobu liehu, škrobu...