Na základe novších poznatkov, ktoré vychádzajú predovšetkým z rozdielneho vývoja niektorých orgánov, najmä listov, umiestenia výtrusníc a pod., sa klasifikujú na úrovni samostatných vývojových celkov, Majú spoločný základ v rýniorastoch, ale ich evolúcia postupovala v osobitných a paralelných vývojových líniách, v ktorých treba hľadať aj rozdielne smery vo vývoji semenných rastlín.

Lišajníky

Ide o celkom zvláštnu skupinu organizmov, ktorých stielka vzniká vždy symbiózou heterotrofnej hubovej zložky a autotrofnej riasovej a sinicovej zložky. Hubová zložka patrí k rôznym skupinám húb, prevažujú však vreckaté typy. Fykobiont je zastúpený v 2/3 zelenými riasami a v 1/3 sinicami, pričom sa vyskytujú kokálne i vláknité typy obidvoch skupín. Výsledkom symbiózy je produkcia rozličných špecifických, primárnych a sekundárnych látok. Spolu je známych asi 20 000 druhov lišajníkov. Sú veľmi citlivé na rôzne znečistenia ovzdušia, preto v mestských a priemyselných aglomeráciách ustupujú a najviac sa im darí v horských oblastiach, Keďže ide o lichenizované huby, ich systematika sa odvíja od systému húb, takže v moderných systémoch sa rozlišujú podľa ich príslušnosti k jednotlivým triedam húb. Ascomycotina-skupina lichenizovaných vreckatých húb, zahŕňa prevažnú časť všetkých lišajníkov. Najznámejšie rody sú Verrucaria, Dermarocarpon, Graphis, Lecanora, Rhizocarpon, Usnea, Lobaria, Evernia, Cladonía, Cetraria, Peltigera, Xanthoria. Basídíomycotina-skupina lichenizovaných bazídiových húb. Patria sem hlavne tropické lišajníky, ako Cora, Corella, Dictyonema. Zygomycotina-skupinka lichenizovaných plesní, reprezentovaná iba jedným druhom Geosiphon pyriforme. Deuteromycotína-skupinka lichenizovaných nedokonalých húb, napr. Cystocoelus ebeneus a Racodium rupestre, Lišajníky rastú na najrôznejších biotopoch v prírode, na skalách i na pôde, na borke stromov, na strechách, plotoch. Dnes sa využívajú ako citlivé bioindikátory znečisteného prírodného prostredia. Významná je aj ich funkcia pionierov života na obnažených pôdach.