Pri cyklickej fotofosforylácii chlorofyl prijme svetelné kvantum – fotón a dostane sa do excitovaného stavu. Vtedy je schopný uvoľniť na energiu bohatý elektrón. Ten prejde radom prenášačov – cez feredoxín na gylochinón alebo flavín a cez cytochrómy späť na chlorofyl. Počas tohto prenosu odovzdá prijatú energiu svetla a tá sa využije na aktiváciu anorganického fosfátu, ktorý sa viaže makroergickou väzbou na ADP a tvorí sa ATP. Cyklická fotofosforylácia je zrejme univerzálna u všetkých fotosyntetizujúcich organizmov.

Pri necyklickej fotofosforylácii sa energia elektrónu z ožiareného chlorofylu použije na tvorbu vodíkového radikálu, ktorý sa pripojí na NADP+ a vytvorí NADPH. Vodíkové radikály sa tvoria z vodíkových protónov, vznikajúcich disociáciou vody. Pri nej vzniká aj hydroxylový anión, z ktorého „nenasýtený“ chlorofyl odoberie elektrón. Elektrón z hydroxylového aniónu prechádza opäť cez sústavu prenášačov, ktoré z neho odoberú energiu a aj tá sa napokon akumuluje v ATP.

Všetky ostatné reakcie fotosyntézy už svetlo nevyžadujú a môžu prebiehať aj za tmy, ale musia mať k dispozícii potrebné zásoby NADPH2 a ATP.

Priebeh fotosyntézy ovplyvňuje veľa rôznych činiteľov. Medzi ne patrí aj farba svetla. Od farby závisí látkový výsledok fotosyntézy. Ak sú rastliny vystavené červenému svetlu, intenzívne sa v nich tvoria sacharidy, ak sú vystavené modrému svetlu, je narušené poradie reakcií a okrem sacharidov sa vo veľkej miere tvoria aminokyseliny.

Podobný vplyv na priebeh fotosyntézy má aj minerálna výživa rastlín. Ak pôda obsahuje veľa dusičnanov, veľká časť redukovaného nikotínamiddinukleotidfosfátu (NADPH + H+) sa spotrebuje na ich redukciu a nie na redukciu kyseliny fosfoglycerovej, z ktorej sa potom takisto tvoria aminokysleiny.

Ďalším činiteľom je teplota. Dokázalo sa, že fotosyntéza niektorých rastlín prebieha najintenzívnejšie pri teplote 37 °C.

Výsledok fotosyntézy ovplyvňuje aj obsah kysličníka uhličitého v atmosfére. Normálny obsah kysličníka uhličitého v atmosfére je asi 0,03 %.

Vlastný názor na tému:

Podľa môjho názoru bolo študovanie súvislostí medzi rastom a farbou dosť náročné, ale ako vidieť prinieslo to svoje ovocie. Človek dokázal vyskúmať toľko premien, ktoré na pohľad vyzerajú tak jednoducho, ale skrýva sa za nimi mnoho reakcií. Je obdivuhodné, že sa s  tým chcelo niekomu „piplať“. Samozrejme, ešte obdivuhodnejšie je to, že to príroda dokázala „vymyslieť“. Aký by bol vlastne svet bez fotosyntézy? Bol by vlastne svet? Na tieto otázky asi ťažko hľadať odpoveď.