Farmakoterapia je najrozšírenejšou formou liečebného zásahu. Podaním aktívnej látky - liečiva - sa zasahuje do funkcií ľudského organizmu.

Farmakoterapia má tieto ciele:

1. potlačnie symptónov (napr. bolestí hlavy)
2. substitúcia pri nedostatkových stavoch (napr. pri chýbaní inzulínu)
3. potlačenie nadprodukcie (napr. tyroxínu)
4. potlačenie rastu nádorov
5. ovplyvnenie imunitných reakcií (napr. anafylaxie)
6. kontrola fyziologických regulačných mechanizmov (napr. zvýšenie krvného tlaku)
7. zlepšenie nedostatočnej funkcie orgánov (napr. digitalistom)
8. spomalenie chronických ochorení (napr. aterosklerózy)
9. ovplyvnenie psychických porúch (napr. chlórpromazínom, imipramínom)
10. potlačenie rastu alebo usmrtenie patogénnych organizmov
11. potlačenie normálnych obranných mechanizmov (napr. krvácania)
12. antidóta pri otravách (napr. nalorfín)