Od hlavných orogenetických fáz v paleogéne a začiatkom neogénu pokračoval vývin Myjavskej pahorkatiny pôsobením subaerických procesov na pôvodnej rozsiahlej nížine. Intenzívnym zvetrávaním málo odolných flyšových hornín sa značne zahladili pôvodné tvary flyšového povrchu. Vznikol mierne zvlnené, miestami až plochý denudačný reliéf z ktorého vystupovali bradlové a pieskovcové chrbty. Oživením hĺbkovej erózie následkom nových zdvihov sa rozčlenila pliocénna denudačná roveň na početné široké, miestami nepatrne zvlnené a dosť široké doliny. Na mierne až stredne sklonených stráňach sa počas pliocénu v dôsledku odnosu jemnejších zvetralín a pôsobením soliflukcie formovali bezodtokové úvaliny, hlbšie periglaciálne doliny a drobné erózne kotliny. Od pomerne mäkko modelovaného reliéfu sa výrazne odlišujú ostré formy bradlových tvrdošov, ktoré v dôsledku selektívneho vypreparovania vystupujú zo slieňovcovo-ílovcových hornín bradlového obalu. Ojedinelé skalky sa začínajú morfologicky prejavovať pri Podbranči, smerom sa východ a severovýchod sa zoskupujú do súviselnejšieho pruhu, vyčnievajúceho sa bradlovým reliéfom. Riečne doliny v bradlovom pásme zužujú, vo flyšovej pahorkatine rozširujú. Početné paralelné toky stekajúce z Bielych Karpát vytvorili pri zmiernení spádu v dolných úsekoch svojho toku výrazné nivy so šírkou 200 – 600 m. Povrch Myjavskej pahorkatiny miestami formujú aj malé zosuvy a najmä zrýchlená vodná erózia.
Územie patrí do mierne teplej klimatickej oblasti. Priemerné januárové teploty sa pohybujú od –2,5°C do –3,5°C, júlové od 17°C do 18°C. Priemerné ročné zrážky dosahujú 750 – 850 mm.

Myjavská pahorkatina patrí aj do povadia Váhu. Významným znakom vodných pomerov je koncentrácia menších povrchových tokov prichádzajúcich z Bielych Karpát. Podľa vodného režimu patria toky do vrchovinnej a nížinnej oblasti s maximálnym prietokom v marci a minimálnom v lete. Prevažne ílovité sedimenty s malou priepustnosťou majú malé zásoby podzemnej vody. Väčšiu priepustnosť vykazujú malé plochy bradlových vápencov.

Priestorové rozšírenie pôd Myjavskej pahorkatiny súvisí s pomerne malými klimatickými rozdielmi a chemizmom substrátu. Na silikátových, ílovcových a flyšových horninách vznikli illimerizované pôdy oglejené, hnedé pôdy nasýtené až kyslé a hnedé pôdy oglejené. Na karbonátových horninách prevládajú rendziny až pararendziny.

Pomerne ľahká prístupnosť Myjavskej pahorkatiny z nížin a kotlín spôsobila veľkú zmenu najme biologickej zložky v prvotnej prírodnej krajine. Z pôvodných bučín a dúbrav sa zachovali len nepravidelné ostrovčeky najmä na bradlových kopcoch. V posledných 20. rokoch sa lesné plochy zväčšujú zalesňovaním sklonitejších strání, nevhodných pre ornú pôdu. Zmenu v prírodných pomeroch Myjavskej pahorkatine veľmi ovplyvnilo roztratené osídlenie v rámci Bielokarpatskej kopaničiarskej oblasti. Mierne rezaný reliéf z bohatou horizontálnou členitosťou a pomerne hustou vodnou sieťou bol vhodný pre valašskú kolonizáciu. V súčasnosti prebieha transformácia kopaníc na rekreačné účely.

Myjavská pahorkatina predstavuje poľnohospodársko-priemyselný typ krajiny so stepou až lesostepou, s kombinovanou sídelnou štruktúrou od mestské cez sústredené vidiecke sídla až po roztrúsené kopanice.

Beckovské Skalice

Považský Inovec vybieha do údolia Váhu v tzv. Beckovskej Bráne v podobe nízkeho predhoria, ktorého súčasťou sú aj Beckovské Skalice. Budované sú predovšetkým karbonátmi, ktorých krasovatením vzniklo menšie škrabové pole (Skalice). Na kóte Lipky vystupujú na povrch i kremence. Miestami sa tu nachádzajú mocné vrstvy spraší a sprašových hlín. Špecifické pôdno-klimatické pomery, vplyv Panónskej nížiny, ale aj činnosť človeka – poľnohospodára v minulých storočiach, sa najviac podpísali na sformovaní tunajšej cennej vegetácie. Pôvodné teplomilné dubiny tvorené hlavne dubom plstnatým sa zachovali na najväčšej časti Skalíc. Veľká časť územia však bola odlesnená, preto tu prevažujú extenzívne pasienky a v strednej časti územia nachádzame aj v súčasnosti orná pôda. Ostatné bývalé terasové políčka však boli zatrávnené a dnes predstavujú vhodné stanovište pre populácie orchideovitých rastlín – vstavačov. Najhojnejšie spomedzi orchideí sú tu zastúpené vstavač vojenský a trojzubý, vzácnejšie sú vstavač purpurový a obyčajný, k vzácnym druhom flóry patria aj hlaváčik jarný, horec krížatý, ľan chlapý a rakúsky. Špecifické biotopy predstavujú extenzívne využívaný sad (čerešňa, višňa), ako aj skalná stena opusteného lomu. K nepôvodným spoločenstvám v území možno zaradiť agátové porasty, ktoré tu boli založené na zmiernenie erózie, ako aj menšie výsadby čiernej nachádzajúcej sa pod kótou Lipky.

Veľmi pestrá mozaika rastlinných spoločenstiev podmieňuje bohatú druhovú diverziu živočíšnych spoločenstiev. Na xerotermné biotopy sú viazané predovšetkým sucho a teplomilné druhy fauny. Z hmyzu tu žije napríklad modlivka zelená, vidlochost ovocný, feniklový, modráček slovenský, fúzač dubový i hrubý. Hojné sú cikády, blanokrídlovce, rovnokrídli hmyz a pod. Zo stavovcov tu okrem bežných druhou žije napríklad jašterica zelená, užovka stromová, vír skalný, chrapáč poľný, dudok chochlatý i jazvec obyčajný.

Toto presné územie v okolitej intenzívne využívanej poľnohospodárskej krajine predstavuje cenné refógium – miesto prežívania mnohých chránených a ohrozených druhov flóry a fauny. Nakoľko sa na jeho formovaní výrazne podieľal človek, je možné zachovať druhovú rozmanitosť Beckovských Skalíc do budúcnosti s prispetím človeka, ktorý tu bude aplikovať také formy hospodárenia, aké tu boli bežné v minulosti.