Najnápadnejšími plazmi na ostrovoch sú Galapácke korytnačky. Keď Darwin Galapágy navštívil, žili tu státisíce týchto korytnačiek. Na ostrovoch nemajú nepriateľov, a tak dorastú až do dĺžky 1,3 m, vážia asi 180 kg a dožívajú sa až vyše 100 rokov. Korytnačky nielenže na ostrovy dorazili - zrejme ako vajíčka alebo drobné korytnačky - v dostatočne veľkých počtoch, aby sa mohli roznožovať a kolonizovať nové územia, ale sa tu dokonca rozšírili a rozvinuli do niekoľkých variantov. Viceguvernér Galapágov Darwinovi povedal, že už na pohľad rozozná, z ktorého ostrova korytnačka pochádza. Darwin si to zaznamenal, hoci ešte význam tejto informácia nedokázal oceniť. Drobné rozdiely medzi korytnačkami vyplývali z miestnych podmienok. Na ostrovoch s hojnosťou vody a vegetácie korytnačky odštipujú trávu tesne pri zemi, takže ich pancier je nad krkom mierne zakrivený. Inde sa musia za potravou naťahovať do výšky, a tak majú dlhý krk a pancier sa im vpredu dvíha ako sedlo. Podobne sa rozvinuli aj leguány. Na ostrovoch žili dva druhy, ale Darwin sa domnieval, že museli mať rovnakého predka a až potom sa obidva druhy odčlenili - zrejme preto, aby lepšie využili dostupnú potravu. Suché leguány sa živia výhonkami a semenami kaktusov, kým morské leguány riasami v chladných podmorských vodách. Majú totiž mohutný svalnatý chvost, ktorý im umožňuje plávať ďaleko na more a potápať sa do hĺbky až 11 metrov. Pozorovanie plazov podporilo Darwinove závery, ku ktorým dospel pri štúdiu bohatej fauny, najmä mnohých druhov strnádkovitých vtákov, označovaných ako ,, Darwinove pinky " alebo tiež pinkavky. Práve tie ho priviedli ku kľúču, ktorý odomkol záhadu evolúcie, spočívajúcu v prirodzenom výbere, čiže prežití najschopnejšieho. Darwin správne vytušil, že ,, .. z pôvodne malého počtu druhov vtákov .. sa jeden druh vydelil a prispôsobil sa rozmanitým prostrediam ". Pinky sú na Galapágoch jediným druhom suchozemských vtákov; keďže sa tu nestretli s konkurenciu ani s predátormi, vyvinuli sa tak, aby mohli obsadiť všetky prostredia. Na každom ostrove sa v každej populácii vyvinuli také znaky, ktoré najlepšie zabezpečovali prežitie. Tieto výhodné znaky vtáky odovzdali ďalšej generácii a jedinec, ktorý sa neprispôsobil vyhynul.