Syntetizovaním označených sond napríklad luciferázou prípadne izotopmi môžeme nepriamo zisťovať prítomnosť, alebo neprítomnosť viacerých špecifických RNA sekvencií. Mechanizmus metódy:
RNA gély sú prenesené na nitrocelulózový papier za prítomnosti roztoku NaOH, ktorý prerába ich dvojitý reťazec na jednoduchý reťazec a označené sondy a tak ďalej. Po prepláchnutí a vysušení, bude každá RNA so sekvenciou komplementárnou k sekvencií sondy naviazaná na nitrocelulózový papier. Následne sa vizualizuje po exponovaní na RTG film, alebo použitím fluorescenčných substrátov. Táto metóda je veľmi výkonný spôsob určovania, či konkrétny gén bol prepísaný na mRNA a čí tým došlo k jeho expresií v konkrétnom type tkaniva, alebo za akých podmienok je expresia regulovaná, čo zistíme jeho prítomnosťou alebo jeho relatívnym zastúpením v signále.


IV. Aplikácia

- Molekulárne portréty nádorov na prsníku(Bolo analyzovaných 8102 génov pre 65 druhov rakovinových tkanív(niektoré pred a niektoré po liečbe). Dovoľuje nám to klasifikovať typy nádorov podľa génov).

- Diagnostika Kosáčikovitej anémie. Pri K.A. sa zmení jednej zo 146 aminokyselín v β-globínovom reťazci hemoglobínu. Šiesta kyselina od začiatku je nahradená za valín. Krvinky potom nadobúdajú mesiačikovitý tvar. Rozšírená najmä v oblasti, kde sa vyskytuje malária. Ľudia sú potom voči nej odolnejší.