Elektróny z redukovaných kofaktorov sú prenášané na kyslík, prijímaný dýchaním a prenášaný hemoglobínom v krvi.
Kyslík sa mení na anión a vodík na katión, pričom tieto dva ióny sa zlúčia a vznikne voda. Pritom sa uvoľní energia porebná na tvorbu ATP.
Kebyže sa preniesli elektróny na kyslík rýchlo, v bunke by vzniklo v krátkom okamihu veľa energie, ktorú by nedokázala zachytiť a zužitkovať. Prenos elektrónov sa preto delí na niekoľko stupňov.
Stupňovitý priebeh zlučovania vodíka s kyslíkom je zabezp. prechodom elektrónov cez systém oxidoreduktáz, ktoré sú zoradené podľa stúpajúceho redox- potenciálu. V tomto systéme je systém redukovaný predchádzajúcim systémom a zároveň redukuje nasledujúci systém, čiže sa sám oxiduje.
Oxidoreduktázy dýchacieho reťazca živočíchov sa delia do štyroch enzýmových komplexov (NADH-Q-oxidoredukáza, FADH-oxidoreduktáza, cytochrómreduktáza a cytochrómoxidáza) a pohyblivých prenášačov (cytochróm c a ubichinón).

Oxidačná fosforylácia.

Je to proces, pri ktorom sa tvorí ATP presunom elektrónov z red. kofaktorov na kyslík.
Oxidáciou NADH získame 3 mol. ATP, FADH2 získame 2 mol. ATP.

Chemiosmotická teória- hovorí, že vnútorná membrána mitochondrií je pre elektróny nepriepustná. Preto pri oxidácii kofaktorov dochádza k hromadeniu elektrónov v medzimembránovom priestore a dochádza presunu elektrónov z mitochondrií do cytoplazmy.
Následne vzniká tzv. koncentračný gradient protónov, kt. je zdrojom pre tvorbu ATP.