Vodohospodárska funkcia lesných porastov sa zakladá na priaznivom ovplyvnení množstva vody, ktorá sa v nich akumuluje. Zvyšujú zásoby podzemnej vody a výrazne sa mení jej akosť. Lesné porasty znižujú rozkolísanosť odtokov, vylučujú všetky formy vodnej erózie pôdy a zmenšuje sa nebezpečenstvo povodní a záplav. Naopak, neuvážené odlesňovanie obrovských plôch zapríčiňuje časté povodne s veľkými hospodárskymi škodami a obeťami na ľudských životoch. Les priaznivo ovplyvňuje aj spomaľovanie eutrofizácie vôd vodných tokov a nádrží.