Za účelom efektívneho využitia uvoľnenej čistiacej kapacity MB ČOV bola v roku 1993 spracovaná nová “koncepcia čistenia odpadových vôd”. Do novej koncepcie boli zaradené viaceré akcie, ktoré sa v priebehu ďalších rokov realizovali. Sú to napríklad vybudovanie prečerpávacej stanice splaškových vôd zo starého závodu, odpadových vôd z prípravy iniciátora a odpadových tenzidových vôd zo spoločnosti SLOVECA. Všetky tieto vody sa v súčasnosti dopravujú na MB ČOV, kde sa aj čistia. Realizovaním uvedených akcií sa znížilo zaťaženie odpadových vôd organického charakteru v sledovanom ukazovateli - biologickej spotrebe kyslíka (BSK5) asi o 80 t/rok. Náklady na ich realizáciu nepresiahli 1,0 mil Sk. Kapacita podnikovej MB ČOV zároveň umožňuje čistenie splaškových komunálnych vôd z mesta Nováky. V rokoch 1996-2000 sa zrealizovala sa generálna oprava sedimentačných nádrží č. 6a a 6b, cieľom ktorých bolo utesnenie dna a svahov nádrží a tým zabránenie prieniku odpadových vôd do podzemných vôd.
V oblasti odpadového hospodárstva do roku 1991, kedy bol prijatý Zákon č. 238/91 Zb. o odpadoch sa na Slovensku odpadom, ako špecifickému problému životného prostredia nevenovala potrebná pozornosť, čo platilo i pre oblasť legislatívy v tejto oblasti. Po roku 1991 sa začal vytvárať právny rámec s jednoznačným vymedzením povinností pôvodcov odpadov, prevádzkovateľov zariadení na zneškodňovanie odpadov ( skládok, spaľovní ) ako aj štátu a jeho orgánov. Dnes už existuje celý súbor zákonov, nariadení vlády a vyhlášok v oblasti odpadového hospodárstva. Odbor ochrany životného a pracovného prostredia (OOŽPP) v rámci NCHZ, a.s. zabezpečuje zosúladenie výrobnej ale i nevýrobnej činnosti podniku s týmito predpismi.
NCHZ, a.s. produkujú ročne cca 60 000 t odpadov , z toho je 86 % odpadov technologických, vyplývajúcich priamo z výroby. Odbor ochrany životného a pracovného prostredia zabezpečuje vedenie evidencie všetkých druhov odpadov ( 42 ), ich triedenie (v členení ostatný, zvláštny, nebezpečný), ale aj správne nakladanie s nimi v zmysle platných predpisov. Zvláštna pozornosť sa venuje nebezpečným odpadom, kde je podnik povinný zabezpečiť ich správne uskladnenie a priebežné zneškodňovanie napr. prostredníctvom externých organizácií.
Z hľadiska vysokej produkcie odpadov sa hľadajú neustále možnosti využívania niektorých druhov odpadov buď priamo v podniku alebo u externých spracovateľov. Z celkovej produkcie odpadov bolo napr. v roku 1996 25 % využitých v podniku, 18 % odpredaných na ďalšie spracovanie, 16 % zneškodnených na skládke.