Od roku 1670, kedy Antonyvan Leeuwenhoek vynašiel mikroskop, bolo možné sa na mikroorganizmy alebo "animalkuly" pozerať. Pokrok v mikrobiológii nemohol napredovať preto, že predstava o tom, že mikroorganizmy sa množia inak ako zásahom zhora, bola pokladaná za kacírstvo. Celé storočia panovala predstava, že pliesne sa na rozkladajúcej sa hmote objavovali spontánne. Tieto predstavy poprel nakoniec v 18. storočí Spallanzami, ktorý pokusmi dokázal, že uvarené a dobre uskladnené mäso zostane úplne bez kontaminovania. Pevný základ mikrobiológie však postavil svojimi elegantnými pokusmi Pasteur, vďaka nemu bola formulovaná teória choroboplodných zárodkov. Pasteur vyštudoval chémiu a na počiatku svojej vedeckej dráhy sa venoval procesu kvasenia (fermentácia). Preukázal, že niektoré mikroorganizmy (kvasinky) umožňujú kvasenie alkoholu, zatiaľ čo iné (laktobacily) pôsobia na fermentácii mliečnych produktov. V týchto štúdiách Pasteur dokázal všadeprítomnosť rady organizmov a predovšetkým ich hojný výskyt v pôde. Ako prvý preukázal prenos nákazlivých chorôb John Snow v roku 1854, keď našiel zdroj izolovanej epidémie cholery
v kontaminovanej studni v Londýne. V roku 1865, keď Lister začal používať kyselinu karbolovú (fenol) ako antiseptický prostriedok, pohybovala sa úmrtnosť po amputáciách okolo 50% a na bojisku sa blížila k 100%. Prírodné fenoly sa používali celé storočia ako konzervačné latky, napr. Egypťania z nich pripravovali balzamovacie zmesi, ale väčšina zdravotníkov si nedokázala pripustiť, že kontaminácie rán boli spôsobované vzduchom, alebo aj lekárom prenášané patogény. Lister vyskúšal kyselinu karbonilovú, pretože sa už pred tým osvedčila v čistení kanálov. Ďalšie fenoly, ako kyselina salicylová a guajakol, sa požívali tak zvnútra ako zvonka. Myšlienku že mikroorganizmy sa vzájomne zabíjajú, priviedol na svet Pasteur roku 1877. Preukázal, že množenie anthraxových bacilov v moči sa dá zabrániť niekoľkými bežnými baktériami. Za 1. svetovej vojny pracoval Alexander Fleming ako bakteriológ. Zaoberal sa zvlášť úrazmi spojenými so zložitými fraktúrami, u ktorých bolo veľké riziko plynnatých gangrén. Po návrate do Anglicka prijal Fleming miesto v nemocnici St. Marys Hospital v Paddingtone. Fleming pred odchodom na dovolenku nechal celú hromadu misiek s kultúrami stafylokokov na kraji stola. Za jeho neprítomnosti sa oknom do laboratória dostal jeden relatívne vzácny kmeň Penicillia a misky kontaminoval.