Zmeny v pečeni a ľadvinách možno zistiť pri perorálnej, perkutálnej a pri inhalačnej expozícii, pri inhalácii k ním však dochádza najskôr po expozícii takými koncentráciami, ktoré však veľmi výrazne dráždia a pri perorálnej aplikácii je hepatotoxický účinok morfolinu menší ako pri vdychovaní pár. Kvapalina môže pri styku s kožou spôsobiť až nekrózy, pretože morfolín sa kožou dobre vstrebáva. I zriedené roztoky pôsobia dráždivo svojou alkalitou, po 30-krát každodennej opakovanej aplikácii neutralizovanej látky na kožu morčiat bolo výsledkom len zhrubnutie kože. U ľudí boli po profesionálnej expoyícii pozorované známky dráždivého účinku pár – koncentrácia 12000 ppm dráždi výrazne – a dráždenie kože, nie však príznaky celkového účinku, žiadne chronické otravy.