Ve starších učebnicích najdeme mnoho názvů, které se v současnosti jednotně shodují se slovem ekosystém: mikrokosmos, epigén, ekoid, biosystém, bioinertní těleso. Nejčastěji užívaným je ovšem geobiocenóza. Ekosystém zahrnuje živou (biotickou) a neživou (abiotickou) složku přírody, mezi kterými neustále probíhá výměna hmoty, energie, vody, prvků a jejich sloučenin. Ekosystém bývá označován za základní funkční jednotku přírody. Objevují se však i názory zpochybňující existenci ekosystému jako ucelené přírodní jednotky. Zdůrazňují jeho neuchopitelnost, nedefinovatelnost hranic a přílišnou složitost pro exaktní studium, z čehož pak pramení i nejednotné chápání pojmu ekosystém. Pod tímto pojmem se při zmíněném alternativním přístupu rozumí spíše jen myšlenková konstrukce, jejíž základem jsou jednotlivé víceméně nezávislé druhy organismů provázané vzájemným působením a tvořící společenstva. Tato společenstva pak spoluvytvářejí (jsou biotickou složkou) prostředí, jež je jim také hlavním poskytovatelem zdrojů v základních “ekosystémových” procesech - tocích energie a kolobězích látek. Pro nás má ovšem pojem ekosystému význam právě proto, že umožňuje (jakkoli zjednodušený) popis principů (jakkoli složitých) dějů v přírodě na úrovni vyšší (komplexnější) než nám umožňují tradiční nástroje studia užívané na úrovni společenstev.
Za ekosystém lze považovat jak celou biosféru, tak také les, rašeliniště, skalní step, řeku, tůň, moře, ale i malou vodní nádrž nebo dokonce akvárium. Z toho vyplývá, že ekosystém není definován svou velikostí, nýbrž spíše předmětem našeho zájmu. Aby mělo smysl zabývat se přírodou na úrovni ekosystému, musí se naše pozornost soustředit buď na některou z tzv. funkčních složek ekosystému (biotop, producenty, konzumenty či dekompozitory,) nebo na děje v ekosystému probíhající.

Funkční složky ekosystému
Každý ekosystém se skládá ze čtyř tzv. funkčních složek: biotopu, producentů, konzumentů a dekompozitorů.