Oxid siričitý môže prenikať cez prieduchy listov. S vodou, ktorá sa nachádza v rastlinných tkanivách, môže tvoriť kyselinu siričitú. Tá poškodzuje bunky a rastlinné farbivo - chlorofyl - dôležité pre fotosyntézu.

· z pôdy vyplavujú mnohé mikroprvky (napr. vápnik, mangán, sodík, draslík) a baktérie, čím sa výrazné zhoršuje jej kvalita a aj kvalita vodného prostredia. Môžu však extrahovať z pôdy do vodného prostredia aj toxické prvky( napr. hliník, med, ortuť, olovo, nikel, berýlium, cín). Takto otrávená voda potom výrazné zasahuje do prírodných ekosystémov. Nie všetky pôdne lokality však reagujú rovnako na kyslé dažde. Niektoré lokality
s alkalickou pôdou pomerne dobre znášajú kyslé dažde, alkalická pôda pôsobí ako neutralizátor. Ak jazera čí rieky nemajú vo svojom okolí alkalické pôdy, stavajú sa veľmi rýchlo mŕtvymi.

· baktérie, červy, hmyz a iné živočíchy spracúvajú v zdravej pôde rastlinné zvyšky. Takto sa pôda obohacuje o látky, ktoré sú životne dôležité pre rastlinstvo. Ak je však pôda kyslým dažďom prekyslená, živočíchy v nej nedokážu žiť. Odumreté rastlinné zvyšky zostávajú ležať na zemi a nevytvárajú sa žiadne živiny pre živočíchy. Potravinový reťazec sa pretrhne. Povrchové kontinentálne vody mávajú pH
v rozmedzí 6,5- 8,5. V kyslých vodách pri pH 5,0 sa nevyvíjajú zárodky obojživelníkov a hynú aj dospelé jedince. Pri pH 5-6 sa nerozmnožujú až hynú viaceré druhy rýb, dafnie aj mäkkýše. Mnoho vtákov sa živí rybami. Ak sa vtáky živia vodným hmyzom s prekyslených vôd, majú vajcia s tenšími škrupinami, menšie znášky a ich embrya sa nevyvíjajú.

· jazerá, rieky a ostatné povrchové toky kyslé dažde po tom ako dopadnú na pôdu, sú odnášané vodou do jazier a vodných tokov. V zakyslenej vode postupne vymiera fytoplanktón, preto je aj voda postihnutých jazier až neprirodzene priehľadná - čistá. Väčšina živých vodných organizmov - zvierat i rastlín - nie je schopná tolerovať zvýšené úrovne kyslosti vody. Postupne sú otravované škodlivými látkami, ktoré kyslé dažde vymývajú z pôdy. Na mnohých miestach sveta je dnes pozorované viditeľné odumieranie živých organizmov vo vodách riek a jazier. Príkladom sú tisícky jazier v Škandinávii bez akejkoľvek známky života, či už rastlinného alebo živočíšneho pôvodu. Počas niekoľkých desaťročí boli tieto jazerá systematicky okysľované kyslými dažďami, ktoré pochádzali z Anglicka, Škótska a Východnej Európy.

· V mestách ničia kyslé dažde stavby, fasády budov a sochy.