Vodohospodárska bilancia množstva a kvality podzemných vôd sa vykonáva pre čiastkové povodia. Podkladom na jej spracovanie a jej súčasťou je bilancia množstva a kvality podzemných vôd v hydrogeologických rajónoch, čiastkových rajónoch a subrajónoch s nadväznosťou na bilančné profily povrchových vôd a čiastkové povodia v súlade s metodikou, ktorá zohľadňuje systém bilancovania množstva a kvality povrchových vôd. Súčasťou hodnotenia využiteľných množstiev je aj hodnotenie kvality vôd uplynulého roka
v porovnaní s kritériami na kvalitu vôd.

Pri spracovaní vodohospodárskej bilancie množstva a kvality podzemných vôd sa vychádza :
a) z výsledkov monitorovacích programov,
b) zo súhrnnej evidencie,
c) z výsledkov hydrogeologických výskumov a prieskumov.

5.1 KVANTITATÍVNA BILANCIA POVRCHOVÝCH VÔD
Kvantitatívnu bilanciu povrchových vôd spracúva SHMÚ Bratislava, oddelenie hydrológie povrchových vôd.
SHMÚ vydáva publikáciu o štátnej vodohospodárskej bilancia „Kvantitatívna vodohospodárska bilancia SR uplynulého roka”
Obsahuje hodnotenie skutočne realizovaných požiadaviek na vodu a skutočného stavu povrchových vodných zdrojov v uplynulom kalendárnom roku v 137 profiloch vybratých vzhľadom na rozhodujúce zdroje znečistenia, dosahované stupne bilančnej napätosti a dostupnosť hydrologických údajov
Obsahuje nasledovné informácie a údaje za spracovaný rok:
ovplyvnené priemerné mesačné prietoky v bilančných profiloch
očistené priemerné mesačné prietoky v bilančných profiloch
priemerné mesačné prietoky v bilančných profiloch ovplyvnené činnosťou nádrží a prevody vody
minimálne bilančné prietoky v bilančných profiloch
priemerné mesačné údaje o manipulácii na vybraných nádržiach
priemerné mesačné údaje o výpare z vybraných akumulačných nádrží
priemerné mesačné údaje o prevodoch povrchovej vody
menovite všetkých užívateľov povrchovej vody s umiestnením na toku
priemerné mesačné údaje o užívaní
hydrologickú a vodohospodársku bilanciu spracovaného roka

5.2 VODOHOSPODÁRSKA BILANCIA PODZEMNÝCH VÔD
Štátna vodohospodárska bilancia (ŠVHB) - časť podzemné vody, hodnotí vzťah medzi potenciálnymi možnosťami exploatácie podzemných vôd na jednej strane a vodohospodárskym, priemyselným a poľnohospodárskym využívaním podzemných vôd na strane druhej.
Podzemným vodám na území SR je pripisovaný mimoriadny význam z dôvodu ich využívania ako hlavného zdroja pitných vôd. Napriek všeobecne priaznivým hydrogeologickým podmienkam pre tvorbu, obeh a akumuláciu podzemných vôd, ich nevýhodou je ich nerovnomerné rozloženie a skutočnosť, že niektoré hydrogeologické útvary sú bez prakticky využiteľných vodných zásob.
Základnou hodnotiacou jednotkou vodohospodárskej bilancie podzemných vôd Slovenska je hydrogeologický rajón. Podľa súčasnej hydrogeologickej rajonizácie je územie Slovenska rozdelené na 141 hydrogeologických rajónov, ktoré sa detailne hodnotia a vypracúva sa materiál, ktorý obsahuje :
•základné údaje o využiteľnom množstve podzemných vôd
•údaje o stave preskúmanosti podzemných vôd
•údaje o odberoch podzemných vôd
•vlastné bilančné hodnotenie
Najvýznamnejšie množstvá dokumentovaných využiteľných zdrojov a zásob podzemných vôd sa nachádzajú v západoslovenskom regióne (56 %), kde sú viazané na kvartérne sedimenty. Podunajskej nížiny a náplavy Váhu a jeho prítokov, zatiaľ čo vo východoslovenskom regióne evidujeme podstatne nižšie dokumentované využiteľné množstvá podzemných vôd (17 %). Zvyšných 27 % sa nachádza v stredoslovenskom regióne, a to najmä v okresoch Banská Bystrica, Liptovský Mikuláš, Martin a Považská Bystrica.
Za deficitné územia, kde sú nedostatočné vodné zdroje z hľadiska bilancie, možno v zmysle ročenky SHMÚ považovať územia okresov Prievidza, Nitra, Lučenec, Rimavská Sobota, Vranov, Trebišov, Humenné, Bardejov, Stropkov, Svidník a čiastočne aj Čadca a Trenčín.