nerozmnožujú až hynú viaceré druhy rýb, dafnie aj mäkkýše. Mnoho vtákov sa živí rybami. Ak sa vtáky živia vodným hmyzom s prekyslených vôd, majú vajcia s tenšími škrupinami, menšie znášky a ich embryá sa nevyvíjajú.

Proces okysľovania vodných ekosystémov sa prejavuje v troch fázach:

· pufračná fáza - ešte sa udržiava celková stabilita ekosystému, ale zaznamenáva sa istá rozkolísanosť pH, pH neklesne pod 5,5. Druhové zastúpenie organizmov zostáva ešte prechodne nezmenené.

· prechodná fáza - prejavuje sa zvýšeným prísunom kyselín zo zrážok, pH silne kolíše, aj pod 5,5 a alkalita klesá k nule. Za tohto stavu postupne hynie väčšina pôvodných druhov rýb, zooplanktónu a klesá celková druhová diverzita organizmov v ekosystéme.
· fáza novej stability - pH klesá na hodnotu 4 a ustaľuje sa nová pufračná schopnosť vody. Narastá koncentrácia ťažkých kovov a hliníka vo vode.

Ekosystémy postihnuté acidifikáciou majú nízku druhovú diverzitu planktónu aj bentosu a sú bez rýb, prežiť dokáže iba úhor. U nás sa acidifikácia najvýraznejšie prejavuje v tatranských plesách nad pásmom kosodreviny.

Na mnohých miestach sveta je dnes pozorované viditeľné odumieranie živých organizmov vo vodách riek a jazier. Príkladom sú tisícky jazier v Škandinávii bez akejkoľvek známky života, či už rastlinného alebo živočíšneho pôvodu. Vo Švédsku majú napríklad zo 100 000 jazier mŕtvych 20 000. Počas niekoľkých desaťročí boli tieto jazerá systematicky okysľované kyslými dažďami, ktoré pochádzali z Anglicka, Škótska a Východnej Európy.

V Novom Škótsku oficiálne registrujú 9 kyslých riek, z ktorých úplne vymizli kedysi bežne rozšírené lososy. V severozápadnej časti USA a Kanady asi 8 % všetkých jazier je kyslých. 

 
Baktérie, červy, hmyz a iné živočíchy spracúvajú v zdravej pôde rastlinné zvyšky. Takto sa pôda obohacuje o látky, ktoré sú životne dôležité pre rastlinstvo. Ak je však pôda kyslým dažďom prekyslená, živočíchy v nej nedokážu žiť. Odumreté rastlinné zvyšky zostávajú ležať na zemi a nevytvárajú sa žiadne živiny pre živočíchy.

Pozemné živočíchy bývajú taktiež postihnuté, nakoľko ich život závisí na vodnom systéme. Mnoho vtákov sa živí rybami. Po tom, čo ryby vymiznú, strácajú sa aj niektoré populácie vtákov, a kyslé dažde vedú k poškodzovaniu tak živočíšnych ako aj rastlinných druhov. Ak sa vtáky živia vodným hmyzom z prekyslených vôd, majú vajcia s tenšími škrupinami, menšie znášky a ich embryá sa nevyvíjajú. Na vtáky negatívne pôsobí aj veľa hliníka, ktorý sa dostáva do vody vyplavovaním z pôdy. 


Kyslé dažde postihujú aj rastlinstvo, citlivé sú najmä ihličnaté lesy. Vplyv kyslých dažďov na rastlinstvo prebieha v troch fázach.

·  V prvej fáze pôdny vápnik neutralizuje kyseliny dažďa a rast stromov sa môže dokonca zrýchliť.

·  V druhej fáze kyseliny vytlačia vápnik i horčík, rast stromov sa začína spomaľovať.

·  V tretej fáze je porušená rovnováha vápnika, z pôdy sa uvoľňuje veľa hliníka, ktorý blokuje kapilárny systém stromov a znemožňuje prúdenie potrebnej vody do kmeňov. Stromy začínajú postupne hynúť od nedostatku vody, a to od koruny nadol.