Znižuje sa obsah humusu často až pod jedno percento, čo má za následok zhoršenie pôdnej štruktúry a stratu absorbčných schopností, a tak nemalá časť živín dodávaná do pôdy putuje do riečnych tokov. Asi najzávažnejšou zložkou, ktorá znečisťuje povrchové a bohužiaľ aj podzemné vody sú dusičnany, ktoré sa dostali aj do našich pitných vôd. V organizme sa dusičnany premieňajú na dusitany a to pôsobením baktérii mliečneho kvasenia, vznikajú nitrosoamíny a tie patria k látkam, ktoré podnecujú vznik rakoviny.
Rastliny, ktoré nasali veľa dusičnanov, čerpajú takisto aj veľa vody, aby vyrovnali zvýšený osmotický tlak vo svojich bunkách. Preto dosiahnutá úroda pri zbere je podstatne vyššia čerstvá hmotnosť, ale podstatne nižšia sušina. Svedčia o tom výskumy švédskeho výskumníka G. Pettersona. Zemiaky hnojené stajňovým trusom mali o 15 % nižšiu čerstvú hmotnosť ako zemiaky hnojené syntetickým hnojivom. Po skladovaní sa ukázalo, že zemiaky hnojené
syntetickým hnojivom mali 30 % stratu na váhe, ale u zemiakov hnojených prírodným hnojivom bola strata len 12,5 %.
Počas 2. svetovej vojny boli vyvinuté syntetické biocídy a začali sa často používať v nadmernom množstve. Najskôr to bolo DDT od ktorého Paul Muller odvodil DDD, DDE a DDA. Vo svojej dobe znamenalo DDT veľký pokrok proti škodlivému hmyzu a v zdravotníctve proti prenášačom nákaz.
Postupným používaním sa zistili aj negatívne vlastnosti DDT. Bol to veľmi pomalý rozklad, látka sa hromadí v potravinových reťazcoch vo vysokých koncentráciách. Tým, že sa ukladá najmä v tukoch, môže zostať dlho inaktívny až do doby, kedy organizmus mobilizuje svoje rezervy. Ešte dodnes nie je presne určený účinok DDT na človeka, no najčastejšie sa hovorí o zlyhaní obličiek.
Dôsledky nadmerného alebo neopatrného používania pesticídov sú niekedy otrasné. Napríklad len v Japonsku došlo v rokoch 1953-1954 k 140 otravám z pescitídov, v Turecku sa v rokoch 1955 -1959 otrávilo hexachlorbenzenom (HCB) asi 3 tisíc ľudí a zomrelo z nich asi 300. K otrave došlo preto, lebo si piekli chlieb zo zamoreného osiva.
Donedávna sa u nás používali ako insekcítídy aldrin a dieldrin. Aldrin sa pomerne rýchlo mení v rastlinách, živočíchoch aj v pôde na dieldrin. Ten sa rozkladá veľmi pomaly, ukladá sa v potravinových reťazcoch a boli zistené u myší chromozómové poruchy. Dieldrin je asi 5 krát jedovatejší ako DDT, pri priamom použití, keď sa vstrebá do pokožky je až 40 krát jedovatejší.
Ďalšou skupinou pesticídov sú arganofosfáty. Ich výhodou je najmä rýchly rozklad. Na niektoré baktérie a kvasinky pôsobí mutagenne. Človeku v malých dávkach pravdepodobne neškodí, ale aj tak pri práci s nimi treba dávať pozor. Jedným z nich je aj parathion.