Pieninský národný park (PIENAP) je najmenší, ale bohatý na prírodné hodnoty. Nachádza sa na Východnom Slovensku v bradlovom pásme Pienin. Symbolom Pienin je poľský masív Trzy Korony (982 m n. m.). Najvyšším vrchom na slovenskej strane je Plašná (890 m n. m.), zmána je aj Holica (828 m n. m.) .V Haligovskom krase ja najznámejšou jaskyňou Aksamitka, pomenovaná po veliteľovi bratríkov, ktorý sa v nej údajne zdržiaval. Vyhľadávanou pamiatkou je stredoveký Červený kláštor, založený v roku 1330. Územie je lesnaté so zachovalými jedľovo - bukovými porastmi a pôvodnými borinami na skalách. Nachádza sa tu aj smrekovec opadavý poľský a miestami aj tis obyčajný. K najvýznamnejším rastlinným druhom patrí chryzantéma pieninská, palina pravá, horčičník pieninský, nevädza Triumfettova pieninská, borievka netatová. Zvláštnosťou Pienin je tavoľník prostredný pravý. Z pestrej palety živočíchov treba spomenúť kobylku pieninskú, z motýľov jasoňa červenookého, z chrobákov fúzača alpského, zo šeliem rysa ostrovida, občas možno vidieť vlka dravého a už zriedkavého obyvateľa brehov vodných tokov vydru riečnu. Zo vzácnejších druhov vtáctva sa tu vyskytujú orol krikľavý, výr skalný, bocian čierny. V Dunajci žije 20 druhov rýb, vrátane pstruha dúhového, či kráľovnej vôd hlavátky veľkej. Bol vyhlásený v roku 1967. Jeho rozloha je 3 750 ha a jeho ochranného pásma 22 444 ha.

Národný park Poloniny leží v severovýchodnej časti Slovenska na hraniciach s Poľskom a Ukrajinou. Bol vyhlásený v roku 1997. Jeho výmera je 29 805 ha, výmera jeho ochranného pásma 10 973 ha. Mimoriadne zachovaná príroda a typický ráz krajiny boli dôvodom na zaradenie územia národného parku medzi biosférické rezervácie v zmysle programu UNESCO Človek a biosféra. Dominantnou prírodnou zložkou Polonín sú lesy, najmä bukové a jedľovobukové. K najväčším hodnotám patria zachované karpatské pralesy s mohutnými, až 400 ročnými jedľami. Najznámejším je prales Stužica pod najvyšším vrchom Kremenec (1221 m n. m.). Rastlinstvo sa vyznačuje prítomnosťou východokarpatských druhov. Rastie tu starček sírovožltý, hadomor ružový, v lesoch iskerník karpatský, čemerica purpurová a veľa iných rastlín. Z obojživelníkov tu žijú všetky druhy mlokov, z plazov aj najväčší had užovka stromová, z vtákov tu hniezdi orol krikľavý , haja červená, sova dlhochvostá . Stav početnej jelenej zveri regulujú šelmy, z ktorých vlk dravý je symbolom tejto oblasti. Občas na územie z Poľska preniká zubor hôrny a los mokraďový. Súčasťou chráneného územia sú jedinečné kultúrne pamiatky - drevené kostolíky (cerkvi) v Topoli, Uličskom Krivom, Ruskom potoku a Jalovej.

Národný park Muránska planina bol vyhlásený v roku 1997. Jeho výmera je 20 318 ha, výmera jeho ochranného pásma 21 698 ha. Krasová náhorná planina v Slovenskom rudohorí si vďaka odľahlosti územia zachovala pôvodný, prirodzený ráz. Do širokej škály krasových foriem patrí 170 jaskýň, často aj s kvapľovou výzdobou alebo zaľadnením, 14 priepastí s najhlbšou 105 metrovou Michňovou a 70 krasových prameňov. Najrozsiahlejším jaskynným systémom je Bobačka, 2221 m dlhá jaskyňa s podzemnými jazierkami a kvapľovou výzdobou. Pre Muránsku planinu sú príznačné rozsiahle lesy s prevahou bučín a bukovo - jedľových lesov, zastúpené sú aj umelo vysadené smrečiny. Na najvyššom vrchole, ktorým je Fabova hoľa (1439 m n. m.), sa nachádza niekoľko nepôvodných límb. Najzaujímavejšie sú skalné rastliny, kde rastie aj vzácny, voňavý lykovec muránsky, ktorý už nikde inde nenájdete. Nezaostáva však ani živočíšstvo. Nachádza sa tu mnoho mäkkýšov, chrobákov, motýľov, mloky i nápadná salamandra škvrnitá. Rozmanité je aj zastúpenie vtáctva, vrátane dnes vzácneho orla skalného a najväčšej sovy výra skalného. Dobré životné podmienky majú aj šelmy. Jaskyne poskytujú útočište asi 18 druhom netopierov. Minulosť pripomína zrúcanina Muránskeho hradu s povestným bralom Cigánka, ako aj zámok na Prednej Hore.

Národný park Veľká Fatra. Toto krásne pohorie na strednom Slovensku dosahuje dĺžku asi 40 km a maximálnu výšku na Ostredku (1592 m n. m.). Jeho výmera je 40 371 ha, výmera ochranného pásma 26 133 ha. Krásy podzemia reprezentuje sprístupnená Harmanecká jaskyňa, ktorá bola objavená v roku 1932.Veľká Fatra je považovaná za najbohatšie stredoeurópske nálezisko zaujímavej, jedovatej dreviny - tisu obyčajného, ktorá ja pozostatkom z obdobia treťohôr. Značnú časť územia pokrývajú lesy s prevahou bučín a jedľobučín. Z významnejších rastlín treba spomenúť plesnivec alpínsky, astru alpínsku, veternicu narcisokvetú, a najmä veľmi zriedkavý cyklámen fatranský. Na rašeliniskách v predhorí možno nájsť vachtu trojlistú, mäsožravú rosičku okrúhlolistú i anglickú. Zo živočíchov tu majú dobré podmienky veľké šelmy - medveď hnedý, rys ostrovid, vysoká zver - jeleň karpatský, srnec hôrny, v bralnatej Gaderskej doline žije kamzík vrchovský aplského pôvodu, z dravých vtákov orol skalný, orol krikľavý. Kultúrne hodnoty zachováva pamiatková rezervácia ľudovej architektúry Vlkolínec, zapísaná do svetového prírodného a kultúrneho dedičstva UNESCO. Národný park Veľká Fatra bol vyhlásený v roku 2002, takisto ako národný park Slovenský kras.