V území bolo zistených 109 druhov mäkkýšov, z toho 22 ohrozených. Na Podunajsku (od Bratislavy po Štúrovo) bolo zistených viac ako 1 800 druhov chrobákov. Z nich je pozoruhodný najmä výskyt doteraz vo svete neznámeho druhu Thinobius korbeli, ale aj viacerých druhov, ktoré sa vyskytujú na Slovensku iba v priestore ramennej sústavy Dunaja. Z drobných cicavcov je významný výskyt hraboša severského. Osobitný význam má územie pre hniezdenie vodného vtáctva. Pravidelne sa tu vyskytujú vzácne druhy vtákov, ako napríklad orliak morský, beluša malá a volavka purpurová. Slovensko-maďarský úsek Dunaja je medzinárodne významným vtáčím územím (IBA). Dôležitou zložkou živočíšstva navrhovaného chráneného územia sú ryby. V Dunaji a jeho ramenách sa vyskytuje najvyšší počet druhov rýb zo všetkých vodných tokov Slovenska. Táto skupina živočíchov patrí medzi najviac postihnuté výstavbou vodných diel na Dunaji. Zo vzácnych a chránených druhov tu žije divá forma kapra (sazan), blatniak tmavý, šabľa krivočiara a býčko škvrnitý. Celé územie CHKO je zapísané do Zoznamu mokradí medzinárodného významu (Ramsarská konvencia).

CHKO Horná Orava s rozlohou 70332 ha, vyhlásená 12.7.1979, zahŕňa štátne prírodné rezervácie: Babia hora, Sosnina, Pilsko, Klinské rašelinisko, Tisovnica, Paráč. Nachádza sa v najsevernejšej časti Slovenska. Takmer polovicu územia chránenej krajinnej oblasti zaberajú lesy. Značnú časť pokrývajú najmä lesy bukovo-jedľového vegetačného stupňa so silne zastúpenými smrekovými. Výnimku tvoria lesné komplexy Babej hory, Pilska a Paráča s pralesovitými porastami smreka s prímesou jarabiny. Stupeň kosodreviny je vyvinutý na Babej hore a Pilsku. Ďalším výnimočným javom vo vegetácii CHKO je prítomnosť značnej pestrosti rašelinnísk s výskytom charakteristických vzácnych a ohrozených druhov rastlín. Na hodnotách prírody oblasti sa značnou mierou podieľa aj živočíšstvo. Z veľkých šeliem sa v nej vyskytujú medveď, vlk, vzácnejší je rys. Bežná je raticová zver - jelenia, srnčia i diviačia. Charakteristickými druhmi stupňa lesa sú tetrov, hlucháň, jariabok lesný. Z dravých vtákov tu hniezdi orol krikľavý, myšiak hôrny, početný je krkavec čierny. V ostatných desaťročiach svoj hniezdny areál v oblasti rozšíril bocian čierny. V posledných rokoch prenikol do územia los mokraďový. V oblasti majú svoje stanovištia aj viaceré vzácne a ohrozené druhy bezstavovcov, ako napríklad žltáčik čučoriedkový, lovčík pobrežný a i.

CHKO Kysuce, bola vyhlásená 23.5.1984 a na rozlohe 65462 ha zahŕňa štátne prírodné rezervácie: Veľká Rača, Veľký Javorník, Čierna Lutiša, Malý Polom

Chránená krajinná oblasť Kysuce je situovaná na severozápade Slovenska, pričom ju tvoria dve samostatné, od seba navzájom oddelené časti. Západná javornícka a východná beskydská. Viac ako polovicu územia pokrývajú lesy. Pôvodné zmiešané lesy sú zachované vo vrcholových polohách. Vplyvom valašskej kolonizácie a kopaničiarskeho osídlenia má krajina mozaikovitý, parkový ráz so striedaním lesov, lúk, polí a osád so zachovalou ľudovou architektúrou. Zvláštnosťou oblasti je výskyt povrchového výronu ropy v Korni a pieskovcových gúľ, známych najmä z územia Prírodnej rezervácie Klokočovské skálie.
Územie má bohatú sieť tokov, množstvo prameňov, prechodných rašelinísk a slatinných lúk s chránenými a ohrozenými druhmi rastlín - rosičkou okrúhlolistou, perovníkom pštrosím, ľaliou zlatohlavou, orlíčkom obyčajným a viacerými druhmi vstavačovitých.
V území bolo dosiaľ zistených 205 druhov stavovcov. Predstavuje západnú hranicu rozšírenia všetkých veľkých šeliem Slovenska - vlka, medveďa, rysa. Vyskytuje sa tu i vydra, lesné kury, z glaciálnych reliktov pôtik kapcavý, kuvičok vrabčí, ďubník trojprstý, myšovka vrchovská. Na viacerých miestach prežíva karpatský endemit - mlok karpatský. Chránené prírodné výtvory: Vychylovské skálie, Prah Vychylovský, Korňanský ropný prameň, Brest u Papajov, Lipy u Kanderov, Lipa u Beloňov, Lipa u Kladivovcov, skupina dubov na Trojačke

CHKO Latorica je po Chránenej krajinnej oblasti Záhorie druhé veľkoplošné chránené územie nížinného typu krajiny. Zahŕňa hlavný tok Latorice a dolnú časť toku Laborca a Ondavy so sústavou slepých ramien a s priľahlými lužnými lesmi a aluviálnymi lúkami. Najvýznamnejším fenoménom Chránenej krajinnej oblasti Latorica sú už dnes zriedkavé a mimoriadne vzácne vodné a močiarne biocenózy, tvoriace komplex, ktorý nemá obdobu v celej republike. Druhové zloženie rastlinných spoločenstiev je veľmi rôznorodé. Zo vzácnych vodných druhov tu môžme nájsť lekno biele, leknicu žltú, rezavku aloovitú, kotvicu plávajúcu, húsenikovec erukovitý a mnohé iné. Pravidelne zaplavované lúky, slúžiace ako pastviny, sú charakteristické rozptýlenými skupinami krovín a vŕbami. Poloha územia v migračnej ceste vodného vtáctva predurčuje vysoký počet tu sa vyskytujúcich živočíchov zo vzdialenejších geografických oblastí. Z fauny sa v oblasti vyskytuje koník stepný, modlivka zelená, korytnačka močiarna, volavka purpurová, beluša malá, kormorán veľký, orliak morský, kúdelníčka lužná, netopier obyčajný a iné.
Chránená krajinná oblasť Latorica s rozlohou 15620 ha je zapísaná do Zoznamu medzinárodne významných mokradí. Vyhlásená bola v roku 1990.