Snížení vypouštěného znečištění ovlivnily především tyto faktory:
o snížení produkovaného množství znečištění v důsledku omezení objemů některých druhů výrob a zavádění racionálnějších výrobních technologií
o zvýšení podílu odstraněného či odbouraného znečištění lepším využíváním starých ČOV a zahájením provozu u ČOV vybudovaných v letech 1998 - 1999
o napojení odpadních vod z některých průmyslových závodů na veřejné kanalizace s disponibilní kapacitou ČOV. V papírenském průmyslu byla v roce 1999 největším zdrojem znečištění a.s. AssiDomän – Sepap Štětí, která vypustila asi 38 249 tis. m3 odpadních vod s 9 677 t CHSKCr. Toto množství bylo zhruba 28,4 % celkového množství CHSKCr z celého průmyslu, proto, že své odpadní vody čistí pouze na biologické ČOV, která má sice vysoký efekt čištění podle BSK5, ale relativně malý efekt podle CHSKCr. Největším znečišťovatelem v chemickém průmyslu byla v roce 1999 a.s ALIACHEM, Synthesia Pardubice. V tomto roce vypustila zhruba 28 mil. m3 odpadních vod s 3 577 t CHSKCr, když v roce 1998 to bylo 6 005 t CHSKCr. Snížení CHSKCr zhruba o 40 % bylo dosaženo tím, že se na ČOV přiváděly v roce 1999 odpadní vody, které se dříve vypouštěly bez čištění.
Ve většině závodů potravinářského průmyslu jsou provozovány mechanicko-biologické ČOV s přiměřenými čistícími efekty. Největším znečišťovatelem v tomto odvětví je i nadále lihovar a.s. BIOFERM Kolín, z něhož bylo vypuštěno v roce 1999 78 t BSK5, což bylo 27,4 % BSK5 vypuštěné z celého potravinářského průmyslu. V textilním a kožedělném průmyslu má většina závodů ČOV, nebo jsou napojeny na městskou ČOV. Jedná se relativně o malé zdroje znečištění.
Hodnocení hlavních ukazatelů ovlivňujících životní prostředí nelze u zpracovatelského průmyslu provést bez zahrnutí podnikové energetiky. Tu představuje výroba elektrické energie a tepla pro vlastní spotřebu a spotřeba paliv přímo v technologických procesech (hutě, sklárny, cementárny apod.).
Ve většině odvětví došlo v roce 1999 k dalšímu poklesu emisí hlavních znečišťujících látek do ovzduší.