Národný park Malá Fatra zaberá po Vysokých a Nízkych Tatrách naše najvyššie jadrové pohorie s bohatou a pomerne zachovalou západokarpatskou prírodou.

Pestré geologické zloženie a značná relatívna výška pohoria podmieňujú existenciu bohatstva rastlinnej a živočíšnej ríše, i pestrosť foriem reliéfu. Najvyšším miestom je vrchol Veľkého Fatranského Kriváňa - 1709 m n. m.

Jadro pohoria tvoria granitoidné horniny, väčšiu časť však budujú horniny obalovej a príkrovových jednotiek najmä dolomity a vápence. V málo odolných horninách (vápence, dolomity) vznikol členitý reliéf s charakteristickými bralami, tiesňavami, skalnými vežami (komplex Rozsutcov, Bobot a Sokolia, Vrátna dolina - Tiesňavy). K pozoruhodnostiam patrí Kryštálová jaskyňa pod Malým Rozsutcom, Šútovský vodopád, prielomový úsek Váhu - Domašínsky meander.

Asi 83% územia zaberajú lesy, prevažne zmiešané s prevahou listnatých drevín, najmä buka.

Geologické podložie, členitý reliéf a veľké rozpätie nadmorských výšok podmienili pestrosť rastlistva. V území bolo doteraz zistených viac ako 900 druhov vyšších rastlín. Z toho je 22 druhov západokarpatských endemitov, 14 karpatských endemitov, 15 karpatských subendemitov a 1 vlastný endemit Malej Fatry, jarabina Margittaiho. Na vápencoch a dolomitoch možno obdivovať chránené druhy ako je astra alpínska, horec Clusiov, dryádka osemlupienková, stračia nôžka a ďalšie.

Zo živočíchov tu žijú napríklad medveď, rys, vydra, orol skalný, výr skalný, tetrov, hlucháň, murárik červenokrídly a ďalšie.