Hnojovica (tekutý hnoj) má odlišné fyzikálne, chemické i biologické vlastnosti ako pevný hnoj. I keď je označovaný za dobré organické hnojivo, naši poľnohospodári ho neradi využívajú na hnojenie. Hlavným problémom je nedostatočná kapacita skladov. Musia sa vyprázdňovať niekedy i v čase vegetácie, keď nie je možné hnojovicu aplikovať na pôdu. Pri priamej aplikácii hnojovice na pozemky dochádza k značným stratám dusíka, ktorý uniká do ovzdušia vo forme amoniaku, ktorý sa významne podieľa na tvorbe zápachu. Najväčšia strata a zápach sa tvorí pri rozstrekovaní hnojovice na pozemky. Vtedy strata amoniakálneho dusíka predstavuje 40-55 %, po okamžitom zapracovaní do pôdy je možné stratu znížiť na 10-18 %. Pri použití aplikátora s podpovrchovým zapravovaním hnojovice do pôdy sa strata zníži na 5 %.

Pri priamej aplikácii hnojovice na pôdu spôsobom, ktorý sa dnes väčšinou využíva, dochádza k prehnojovaniu a k znečisťovaniu povrchových i podzemných vôd. Okrem toho sa pri aplikácii hnojovice šíri po okolí nepríjemný zápach. To sú hlavné dôvody nedôvere k hnojovici, ako hnojiva.

Vzniknuté ekologické problémy viedli k tomu, že hlavne vo veľkochovoch sa hľadajú rôzne spôsoby spracovávania a využívania hnojovice. Najčastejším spôsobom spracovávania je aeróbne čistenie, ktoré môže byť rovnaké ako pri čistení odpadových vôd. Nevýhodou je produkcia ťažko manipulovateľného kalu. Ďalším spôsobom spracovania hnojovice je anaeróbny proces, ktorý umožňuje premenu tekutého hnoja na hnojivo bez zápachu pričom sa takmer úplne zachovajú rastlinné živiny a uvoľňuje sa metán bohatý na energiu, ktorý je možné využívať. Ale aj tu sa produkuje kal. Obidva spôsoby spracovávania hnojovice sú z ekologického hľadiska vhodné, ale investične a energeticky náročné. Okrem toho pri aeróbnom čistení hnojovice sa likviduje časť organických látok a živín, ktoré by mohli byť využité na hnojenie.

Metódy čistenia je možné zdokonaliť oddelením tuhej a tekutej časti separáciou. Separátormi rôzneho druhu a konštrukcie sa separáciou zníži objem a obsah sušiny v odseparovanej tekutej časti na čistenie. Výhodou separácie je, že v tekutej časti sa zníži koncentrácia organických látok a živín, zlepšia sa jej reologické vlastnosti a je ju možné použiť na hnojenie závlahami. Oproti hnojeniu hnojovicou lepšie steká z rastlín (menšie riziko poškodenia) a vsakuje do pôdy, čím sa znižuje únik čpavku a zápachu. Na druhej strane bez ďalšej úpravy obsahuje aktívne škodlivé zárodky a semená burín. Okrem toho tekutá časť obsahuje rýchlo sa uvoľňujúci dusík a môže dôjsť pri závlahách k prehnojeniu pozemku s následnými závažnými ekologickými problémami.
Najdokonalejšou formou spracovávania exkrementov hospodárskych zvierat je kompostovanie. Takéto spracovanie je jedným z najracionálnejších spôsobov využívania prebytkov hnojovice napriek tomu, že je nákladnejšie ako priama aplikácia. Na úpravu sušiny v hnojovici sa používa rôzny suchý organický materiál, s ktorým sa mieša a ktorý je v danej oblasti k dispozícii. V našich podmienkach je to najčastejšie slama. Je ju vhodné upraviť tak, aby po premiešaní s hnojovicou sa vytvárali dostatočné veľké póry pre zásobu vzduchu v substráte, čím sa tento stane rýchlo rozložiteľný. Spracovaný organický materiál je prístupný mikroorganizmom, dobre sa rozkladá a sfermentuje na plnohodnotný kompost bez zápachu.
Skladovanie exkrementov.

Na miestach, kde sa vykonáva chov zvierat a je potrebné ich ustajnenie počas zimy alebo iného obdobia, musí byť zabezpečená adekvátna skladovacia kapacita na bezpečné uskladňovanie hospodářských hnojív. Podľa príslušných právnych predpisov (zákon o hnojivách) zásobníky na uskladnenie hnojovice musia stačiť minimálne na päťmesačnú produkciu v podniku, pri močovke a hnojovke je potrebná kapacita minimálne na štvormesačnú produkciu podniku.

Skladovacie priestory hospodárskych hnojív musia byť prispôsobené skutočnej produkcii hnoja v podniku za obdobie: 6 mesiacov pri vyvážke hnoja dvakrát ročne, 10 mesiacov pri vyvážke hnoja jedenkrát ročne.

Spôsob uskladnenia odpadov závisí od konzistencie odpadu. Tekuté, tuhé, resp. polotuhé odpady sa skladujú rozdielnym spôsobom.

Všetky nádrže na tekuté exkrementy musia byť vodotesné. Všetky betónové hnojiská, silážne jamy a skládky odpadu musia byť vybavené zbernými žľabmi, ktorými sa vytekajúci odpad odvádza do vhodného skladovacieho zariadenia.

Všetci pracovníci, ktorí sa budú zúčastňovať na prevádzkovaní skladísk a nádrží poľnohospodárskeho odpadu, musia byť poučení o zásadách správneho skladovania a o postupoch hospodárenia s odpadom, aby sa tak predchádzalo vzniku škôd na okolitých vodách a životnom prostredí. Všetky skladovacie nádrže musia byť vybavené kontrolnými systémami na monitorovanie prípadných únikov znečisťujúcich látok.