červených kníh ohrozených, vzácnych či vyhynutých organizmov pri mikroskopických organizmoch dostáva do celkom iného svetla ako pri makroskopických. Preto aj pri cyanobaktériách a riasach ako najviac ohrozené druhy vnímame tie, ktoré majú makroskopickú stielku alebo druhy viazané na neznečistené prostredie, prípadne na ekologicky extrémne biotopy.
Osobitou problematikou z pohľadu ochrany biodiverzity je eutrofizácia a kyslé dažde. Do tečúcich aj stojatých vôd sa v dôsledku ľudskej činnosti dostávajú organické aj anorganickú látky. Tieto fototrofné mikroorganizmy sa potom premnožia a môžu tvoriť vodné kvety. Dôsledkami sú zmeny spoločenstiev organizmov vo vode(napr. rýb) a vo farbe vody, čo je nežiadúce pri úprave vody na pitnú. V dôsledku výrazných zmien biotopu pôvodné druhy zanikajú a nahradzujú sa inými spoločenstvami organizmov. Ale v prípade toxického zamorenia zostáva voda, pôda, skaly a pod. bez života. Preto treba podporovať požiadavku, aby priemyselná a potravinárska výroba bola ekologicky nezávadná. Len tak má totiž ľudstvo šancu prežívať a vyvíjať sa aj naďalej a nielen niekoľko nasledujúcich rokov.

3.2 HUBY
3.2.1 Charakteristika a zaradenie

Huby sú eukaryotické jednobunkové(napr. kvasinky), alebo mnohobunkové(napr. bazídiové huby) heterotrofné, stielkaté, bezchlorofylové organizmy, neschopné fotosyntézy. Od zelených rastlín sa líšia iba vonkajším vzhľadom, chemickým zložením, vývinom i spôsobom života. Preto sa dnes huby považujú za tretiu úplne samostatnú organickú ríšu. Zelené rastliny môžu pomocou chlorofylu, slnečného svetla a oxidu uhličitého vytvárať z anorganických látok látky organické, potrebné pre stavbu svojho tela. Pretože huby nemajú chlorofyl, nemôžu žiť z anorganických látok. Potrebnú výživu čerpajú z organických zdrojov, ktoré vytvorili rastliny alebo živočíchy. Preto veľa húb nachádzame najmä v lesoch, kde je dostatok hnijúcich organických zvyškov, z ktorých získavajú potrebné látky pre svoj život.
Niektoré jednobunkové huby alebo určité mnohobunkové štádiá sú schopné aktívneho pohybu. Mnohé z nich sú vodné alebo pôdne. Viaceré z nich parazitujú na riasach, vyšších rastlinách. Väčšinou sa však huby aktívne nepohybujú. Ich druhové bohatstvo je veľmi veľké a predpokladá sa, že po hmyze sú najpočetnejšou skupinou organizmov.
Vo svojej výžive ako heterotrofné organizmy skôr pripomínajú živočíchy, pretože sú priamo či nepriamo odkázané na autotrofné organizmy. Mnoho zástupcov húb, aj tých najprimitívnejších skupín, získava živiny priamo zo živých buniek rastlín, živočíchov alebo iných druhov húb.